区别如下：
1、定义不同。自由贸易区通常指两个以上的国家或地区，通过签订自由贸易协定，相互取消绝大部
分货物的关税和非关税壁垒，取消绝大多数服务部门的市场准入限制。简而言之，自贸区是政府划
出特定的区域，准许外国商品豁免关税自由进出。
而保税区亦称保税仓库区。这是一国海关设置的或经海关批准注册、受海关监督和管理的可以较长
时间存储商品的区域。是经国务院批准设立的、海关实施特殊监管的经济区域。
2、保税区在海关的特殊监管范围内，货物入区前须在海关登记，保税区货物进出境内、境外或区内
流动有不同的税收限制；而自由贸易区是在海关辖区以外的、无贸易限制的关税豁免地区。
3、保税区的货物存储有时间限定，一般为2～5年；而在自由贸易区内，货物存储期限不受限制。
4、由于保税区内的货物是“暂不征税”，对货物采用账册管理方式；而在自由贸易区，主要考虑货
畅其流为基本条件，多数自由贸易区采取门岗管理方式，运作手续更为简化，交易成本更低。
5、目前许多保税区的功能相对单一，主要是起中转存放的作用，对周边经济带动作用有限；而自由
贸易区一般是物流集散中心，大进大出，加工贸易比较发达，对周边地区具有强大的辐射作用，能
带动区域经济的发展。
扩展知识：
保税区相关政策：
1、管理与税收。
根据现行有关政策，海关对保税区实行封闭管理，境外货物进入保税区，实行保税管理；境内其他
地区货物进入保税区，视同出境；同时，外经贸、外汇管理等部门对保税区也实行较区外相对优惠
的政策，同时保税区具有进出口加工、国际贸易、保税仓储商品展示等功能。
2、审批与经营。
根据工商登记法律、法规，企业经营范围登记由工商行政管理部门主管。但是对于需要进行前置许
可性审批的经营范围的确定，需要申请人先就经营内容进行审批申报，而后进行工商登记。保税区
内企业的经营范围如果涉及前置审批项目同样需要现行报请相关部门许可后才能执行。
参考资料：
跨境进口新政的消息在跨境电商媒体中激起了千层浪，之所以有这么大势能，最主要是新税制影响了整个跨境电商行业。对于新税制，这里有几个要点来解读，深圳云邮跨境电商重点分析这几点对未来跨境电商的影响？
1、交易额
跨境电子商务进口零售单笔交易限值为2000人民币，个人年度交易额限值为20000元。
影响分析：和原来适用的行邮税限额相比，单笔交易额从1000元提升到2000元，单笔交易额放宽了一倍，但却实行了封顶模式，年度交易额限值为20000万。从一般消费者角度来分析，这样的额度已经足够，再资深的剁手族用上全家的身份证消费额度已经满足了，这要看后续出台的细则如何了？
个人年度交易额审核权限应该不会下放到电商平台，而是由海关来进行数据统计，这就涉及到以何种方式来进行累加统计，目前跨境电商或者清关公司以三单模式（订单、运单和清单）来进行申报，如果加上个人年度交易额度限值，海关清关系统将会调整，可能会以清单（内有身份证信息）为依据进行管理，不会以账户或者其他方式，会以身份证及关联账户的消费额度累加。
从电商平台来分析：单笔交易额从1000元提升到2000元，和行邮税的免费做法一样，通过拆单的方式规避，影响不大。如果是同一包裹的商品，合并起来，只要总金额不超高2000元的，可一票走单；对于低价高频的商品来说，不啻以是一则福音，省去了个人物品50元以下免税的分拆的繁琐，即节省了时间和资源，也减少了包装的不必要的浪费，非常的绿色环保，虽然收取了一定的税金，但可以从其他方面得以弥补。
无论是个人消费者或者电商平台，问题在于单件商品超过2000元以及超过年度限额20000元的该如何应对呢？
按照规定，如果单件商品超过2000元，自动转为一般贸易清关；那么如何监管某个购买者年购买总额是否超过了2万元，减少电商平台和海关不必要的麻烦呢？
这需要三道关进行拦截：
第一关就是个人要注意自己在一整年所累加消费的额度情况如何，如果已经达到，不要再海淘了，或者换其他人的身份证进行购物；
第二关就是电商平台也要以技术的手段自动监管消费者的消费额度记录情况，给予个体消费者提醒；
第三道关就是海关了。因为个人无法作为一般贸易的报关主体，这就需要云邮跨境电商或者清关公司、海关的上下配合完成。
但无论怎样，年度交易额限值为高客单价的优质消费者带来不少的麻烦，为了维护这类优质客户，我想不少电商平台肯定想不少应对之策。
据深圳云邮跨境电子商务公司分析，新版跨境电商税收政策的调整，主要针对的是保税进口模式，也就是商家从海外采购商品后，存放在保税区，然后再按国内订单从保税区直接发货的模式。对海外直邮模式，仍将按照原有的行邮税模式操作。这一消息主要基于保税进口模式在物流方面的巨大便利性，并且是跨境电商进口主力，而直邮模式的成交量占比较小，是真是假，等到后续出台细则后可见分晓。
2、税率
在限值以内进口的跨境电子商务零售进口商品，关税税率暂设为0%，进口环节增值税消费税取消免征税额，暂按法定应纳税额的70%征收，超过限制的部分均按照一般贸易方式征税。单个不可分割商品价值超过2000元限额的，按一般贸易进口货物全额征税。取消了50元免征额度，按增值税和消费税70%征收，实际上限值内的跨境电子商务零售进口商品税率为11.9%。
影响分析：在新的税率玩法下，无论是个体消费者还是电商平台都要认真算算成本和售价了。跨境电商在2014年大规模兴起后，在国家海关税率政策不明朗的情况下，利用灰色地带，攫取了不少利润。相对于一般对外贸易，跨境电商这一新事物，国家一直按照行邮税进行清关，50元以下免税的政策，让不少电商平台钻了空子。随着跨境电商进口的快速发展，较低的行邮税税率，不仅会造成试点城市与非试点城市间的不公平，还会造成跨境电商和一般贸易之间的税负不公平。行邮税模式导致国家税收流失的说法也一直存在，这都让跨境电商税改势在必行。
目前，13个试点城市对跨境电商进口，实行的按行邮税征税的政策。按商品种类分，行邮税有四档税率——分别是10%、20%、30%、50%。一般来说，由于行邮税打包了进口环节的增值税和关税，整体税率水平，较一般贸易要低。更为关键的是，行邮税还有一项免征优惠：缴税额50元以下的商品，还可以免征行邮税。此次跨境进口税改，不论是保税模式还是直邮模式，取消了50元免征额，即按照增值税、消费税的七折征收，绝大部分商品都是按照11.9%（增值税17%的七折）的税率征收（只有部分产品缴纳消费税，如奢侈品，两千元内的消费税也按70%征收）。
根据《中华人民共和国进境物品完税价格表》，新政之下，对于原行邮税率较高的品类，其实成本反而有所下降。我们可以拿中高档个护化妆品为例来对比一下税率的差异：中高档个护化妆品行邮税税率为50%；新税率在增值税17%和消费税30%基础上按7折征收，即32.9%（17%*70%+30%*70%）；一般贸易关税2%-10%，增值税17%，消费税30%，综合起来50%-60%。所以跨境电商新税率之下，中高档化妆品和高档手表等类似产品走跨境电商模式优势更为凸显。
当前，我国有三种不同的报关方式：个人物品、跨境电商和一般贸易。不同的报关方式，税率、流程、费用均有很大的差异，不能一概而论哪种清关方式最好。所以跨境电商就要根据自身平台在商品、时效、成本等方面综合考虑，或者选择单一报关方式，或者兼而有之。这对强调标准化的电商平台来说，仅仅在报关方面将是一个巨大的挑战，更不要说物流、支付方式等变动。
新税制下不同价格及品类选择的不同清关方式的优劣比较
跨境电商平台需要综合考虑，充分利用不同的清关模式来整体解决产品的进口渠道。在新税制下，以保税仓模式的跨境电商平台需要在新税制实施前进行清货，如果不清货，至少要其11.9%的利润，所以现在存货在保税区的电商应该赶快行动起来。
政策调整后，在保税模式下，大量小微平台将无法持续，拥有更多资源大中型电商平台更为主动，成本上升利润摊薄后，一部分小微平台会倒闭。另外一般贸易的商家会更积极转换身份参与到竞争，所以2016年的跨境电商市场将会发生新一轮的洗牌。
新税制实施后，跨境电商、物流供应商等需要一段较长时间的适应过程。
3、明确消费者作为纳税人
实际交易价格（包裹货物零售价格、运费和保险费）作为完税价格，电子商务企业电子商务交易平台企业或物流企业可作为代扣代缴义务人
影响分析：这次新税制下，规定实际交易价格中包含了运费和销售价格，并把这一价格作为完税价格，而以前的运费和销售价格拆分来申报，在新税制下实行不通了。用外贸术语来讲，以前的离岸价（FOB）纳税改成到岸价（CIF）纳税，而运费和保险费纳入完税中，电商平台会把这一成本转移到物流服务商，未来这一纳税成本将最终转移到消费者头上。
4、适用的商品品类
适用此政策的商要求是与海关三单连接对比的平台和商品，以及没有和海关联网但是快递企业和邮政企业能提供三单、并承诺承担相关法律责任商品。其他类型按照现有政策执行。新的《跨境电子商务零售进口商品清单》将由财政部另行公布。
影响分析：这次税改，将会在全国各地海关口岸统一标准推行，新的跨境电商管理办法出台后，各个口岸统一执行《跨境电子商务零售进口商品清单》，必将明确公布可以采用跨境电商模式报关的商品品类。这样就可以明确、规范的知道哪些商品可以采购上线，也避免了目前同一种商品在某些口岸不可以入境，在另一个口岸又可以入境的混乱局面。
另外，此次税改再次明确各大电商需要和海关平台对接，提供三单信息。
而海关、国检的通关新政也还需要一段时间的磨合稳定期。因此，电商平台或物流供应商就必须在这一时间窗口期具备应变转换能力。新的管理办法将以广州作为试行模板，因此广州口岸对新政的解读与执行细节就变得尤为重要。跨境电商从业者要持续关注广州海关的执行，最好在广州口岸尝试业务通关，以此适应和顺应新政的执行。
新税制自2016年4月8日起执行，留给跨境电商行业的时间并不充裕，所以跨境电商行业上下游的企业应该在这一段时间内做好相应地准备。