有可能有吧。
首先是保税仓分为两种，一种是国外保税仓，跨境电商的商家为了加快周转，会在国外建设保税仓，然后批量向国内发货，国外的仓库，监管严密性如何，不得而知，而小的电商平台会不会把国内假货出口过去再运回来？不得而知。
另一种是国内保税仓，一般建在保税区或是跨境电商物流园，国内的保税区管理水平参差不齐，有的里面只有仓储企业，连办公楼都不建在内，进出检查车后备箱，比较正规，而另外很多是里面附属设施很多，比如加油站、饭馆、洗车店、企业办公楼、管委会办公楼等，甚至还有加工企业，保税区内货物流转是难以控制的，甚至进出保税区的行政车辆不检查后备箱和车内物品。
这种就存在一定的风险，比如有的平行车商，进口来乞丐版车，然后从国内弄来山寨配件，比如导航，屏幕，雷达之类的，用后备箱运进去，装上冒充高配车，或者是进口来的高配车，拆下原装件，换上山寨配件。这些东西体积小，价值高，难以辨别。
还有就是进口的普通商品，如果保税区管理不严，恰好这些东西体积小价值高，也存在夹带假货进去保税区然后调包的可能性。而如果是国外保税仓发来就是假货，那就更别提了。但这些手法，大的电商企业应该是不敢干的，一方面是一旦被发现就会承担法律责任，一方面是人家流水那么大批量，不值得搞这种小动作。
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