网上退税操作流程如下：
1、首先需要下载个人所得税APP，首次使用个税APP的需要注册账号并且绑定银行卡；
2、登录个人所得税APP，提前将专项附加扣除填报好，纳税人可以享受子女教育、继续教育、赡养老人、住房租金、住房贷款利息和大病医疗等6个专项扣除，如果纳税人有这6项支出，可以在税前收入中扣除；
3、填报好专项附加扣除后，点击“综合所得年度汇算”进入到“申报详情”的界面，按照提示完成申报操作；
4、填报的收入和扣除信息无误后，点击“下一步”开始计算税款，系统会自动计算出本年度综合所得需要补缴或退还的税额；
5、确认结果后，点击“申请退税”，按照提示添加银行卡信息，最后点击“确定”，等待审核处理完成退税。个人所得税申请退税流程操作完成后，大概10个工作日退税金额就会到账指定银行卡，如有其他情况以当地官方具体说法为准。
个人所得税六项扣除如下：
1、子女教育支出扣除，子女接受全日制学历教育的相关费用支出，每个子女可扣除1000元/月，扣除方式：父母（或法定监护人）分别扣除50%；父母（或法定监护人）选择其中一方全额扣除；
2、继续教育支出，纳税人国内接受继续教育的，在教育期间可扣除400元/月，同一学历继续教育的扣除期限不得超过48个月，纳税人接受技能人员职业资格继续教育支出、专业技术人员职业资格继续教育支出，在取得相关证书的当年，可扣除3600元。
3、大病医疗支出，在一个纳税年度中，纳税人通过医疗保险报销后个人负担费用部分累计超过15000元的，在80000元限额内可以据实扣除。
4、住房贷款利息支出，本人、配偶单独或者共同使用商业贷款、住房公积金贷款为本人、配偶购买住房，发生的首套住房贷款利息支出，可扣除1000元/月，扣除期限不得超过240个月，也就是20年。纳税人只能享受一次首套住房贷款的利息扣除，扣除方式：纳税人未婚，本人扣除；纳税人已婚，夫妻双方可选择由其中一方扣除；或双方各扣除50%。
5、住房租金支出，纳税人在主要工作城市没有房子而发生的房租租金支出，可以扣除，直辖市、首府城市、计划单列市和国务院确定其他城市，可以扣除1500元/月，市辖区户籍人口超过100万的城市，扣除1100元/月，市辖区户籍人口不到100万的城市，扣除800元/月；
6、赡养老人，有赡养义务的子女赡养一位及以上60岁（含）父母及子女均已去世的祖父母、外祖父母的费用支出，可以扣除，扣除标准：2000元/月，扣除方式：独生子女，本人扣除；非独生子女，经协商后可以均摊。
综上所述，单位代扣代缴个人所得税的退税流程可自行操作，在个税app软件先填好自己的个人资料，然后到六项扣除费用里选择该扣除的项目，包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人6方面的费用支出。然后由财务去税务系统重新计算正常薪资和个税。
法律依据：
《中华人民共和国税收征收管理法》第二十八条
税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款，不得违反法律、行政法规的规定开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。农业税应纳税额按照法律、行政法规的规定核定。
第二十九条
除税务机关、税务人员以及经税务机关依照法律、行政法规委托的单位和人员外，任何单位和个人不得进行税款征收活动察配。
第三十条
扣缴义务人依照法律、行政法规的规定履行代扣、代收税款的义务。对法律、行政法规没有规定负有代扣、代收空扒税款义务的单位和个人，税务机关不得要求其履行代扣、代收税款义务。扣缴义务人依法履行代扣、代收税款义务时，纳税人不得拒绝。纳税人拒绝的，扣缴义务人应当及时报告税务机关处理。税务机关按照规定付给扣缴义务人代扣、代收手续费。