1979年9月，马卡罗夫因其卓越的工作能力被任命为黑海造船厂厂长，也正在这个时候，黑海造船厂建造航母的工作也进入快车道，0号船台成为全苏联乃至全欧洲最忙碌的造船基地。
按照马卡罗夫的设想，崭新的“大型总段造船法”被应用于0号船台“流水化建造航母”的伟大事业中。1983年2月22日，黑海造船厂在0号船台为苏联海军第一代大型航空母舰——“1143.5工程”首舰“第比利斯”号（开建不久便更名为“勃列日涅夫”号，后又相继更名为“第比利斯”号和“库兹涅佐夫”号，而当初厂内代码为“105产品”）举行龙骨铺设仪式。
当“第比利斯”号工程稳步推进时，黑海造船厂在0号船台旁边搭建起面积达1.8万平方米的平台，它的承载能力与船台相当，在这个平台上同时进行“库”号姊妹舰“里加”号（即后来的“瓦良格”号，当时厂内代码为“106产品”）的大型船体总段装配。等到“第比利斯”号于1985年12月结束船台装配并下水时，“里加”号的24个超大型总段（它们大多长32米，宽38米，高约13米，重约1400吨）已在船台旁的平台上装配好了，只等两台芬兰造天车和数十台龙门吊协作搬进船台里面。
这还不算完，“里加”号航母的总段与总段间的对接缝线长达500多米，但马卡罗夫等造船巨匠们考虑极为周全，事先用经纬仪测量数据加工过的对接缝净尺寸精确到0.1毫米，以至把总段依次吊上船台后，焊工们就能按部就班地将安装对接缝逐一衔接起来！
马卡罗夫对待工作却极其严格，绝不允许有任何疏漏。由于对造船各个环节都了如指掌，他绝不允许一些技术不精的领导负责设计工作，就连那些习惯照本宣科、不思进取的干部都会被他踢走。在建造“里加”号时，整艘航母上拥有超过3500间舱室，所有舱室都布满各种设备、电缆和其他系统，如果到每间舱室停留1分钟，就需要60小时。
作为厂长，马卡罗夫每天早上6时就来到办公室，用半小时处理文件，然后在机库里召集车间主任和建造师们登上“里加”号，对那些必须始终处于监督之下的地方走一遍。在8时左右，大家一起在航母机库里召开十几分钟的现场会，就现场发现的问题或疏漏进行检讨，该谁负责的，谁就会遭到“责骂”。久而久之，厂里的头头脑脑都把追随厂长视察的路线称为“马卡罗夫大道”，在这条“大道”上充满了一丝不苟的严谨，以及对国家任务的忠诚。
“瓦良格”离故乡
1991年苏联解体，黑海造船厂失去了国家订货的对象，马卡罗夫也失去了事业的重心。三易其名的“库兹涅佐夫”号航母被俄海军匆忙开走，而还没有完成舾装的“瓦良格”号则瘫痪在厂区外的南布格河口，成为黑海造船厂乃至苏联的“纪念碑”。
1993年，俄总理切尔诺梅尔金、海军总司令格罗莫夫在时任乌克兰总理库奇马的陪同下来到黑海造船厂，探讨把“瓦良格”号建造完毕并移交给俄海军的可能性。乌克兰要求俄方支付全部造价，可是俄方认为只需支付当初苏联政府未付的30%货款，双方闹得不可开交。目睹这一切的马卡罗夫有失礼貌地插话说：“‘瓦良格’号不可能完工了……”大家问道：“为了让航母完工，工厂需要什么？”马卡罗夫回答道：“只有强国才能建造它，但这个强国已经不存在了。”
1995年，已成为乌克兰总统的库奇马决定将“瓦良格”号航母的命运交给黑海造船厂处置，也就是在这个时候，心力交瘁的马卡罗夫宣布退休，迁居到离船厂不远的沃洛什沙洲别墅，以便每天都能看见自己曾倾注无数心血的“瓦良格”号。
2000年6月14日，和“瓦良格”号告别的那一天终于到来了，按照协议，香港创律公司雇佣的荷兰拖船将已拆卸一空的“瓦良格”号拖往遥远的东方。身患重病的马卡罗夫坐在距船厂15公里外的别墅边，遥望“瓦良格”号，泪流满面。两年后，马卡罗夫在郁郁中走向生命终点。