看来你是新手。
1、电子口岸的交单不是你想做就可以做的，必须在你收到了核销单、报关单收汇核销联、退税联后才能点击交单，同时还要在电子口岸出口退税栏目下勾选交单的核销单，两边数据交单信息必须一致。
2、电子口岸上的东西与你的外汇收汇核销申报无关，与结汇也无关。
3、外汇收到后，是要在网上收汇核销系统中进行申报的，这个不是电子口岸，是单独的一个申报软件。如果你们实际收汇金额和当初出口申报金额之间相差不超过+ -5%就可以网上直接自动审核通过，否则还是要去外汇管理局人工核销。只有实际收到外汇并经过核销审核了，才会有可能退税的。
4、你们应该是生产型自营出口企业，出口退税方面，要用生产企业出口退税系统来做申报，要录入当月出口情况，保税进口情况，单证收齐情况（即实际收汇）等信息，以及当期国内销售情况、进项税情况等内容，然后才能计算当期的退税等信息，具体计算的内容、方法你可以网上搜免抵退词条。
因为你的问题涵盖内容实在是太广泛了，基本上就是生产企业出口退税操作指南+企业出口收汇核销操作手册的全部内容了，所以很难讲得很详细，有不明白的可以直接通过百度HI联系我。
你们自己公司准备好材料（发票箱单等）再委托报关公司帮你们报关。
报关是指进出口货物装船出运前，向海关申报的手续。按照我国海关法的规定：凡是进出国境的货物，必须经由设有海关的港口、车站、国际航空站，并由货物所有人向海关申报，经过海关放行后，货物才可提取或者装船出口。
1．进出口货物报关单。一般进口货物应填写一式二份；需要由海关核销的货物，如加工贸易货物和保税货物等，应填写专用报关单一式三份；货物出口后需国内退税的，应另填一份退税专用报关单。
2．货物发票。要求份数比报关单少一份，对货物出口委托国外销售，结算方式是待货物销售后按实销金额向出口单位结汇的，出口报关时可准予免交。
3．陆运单、空运单和海运进口的提货单及海运出口的装货单。海关在审单和验货后，在正本货运单上签章放行退还报关单，凭此提货或装运货物。
4．货物装箱单。其份数同发票。但是散装货物或单一品种且包装内容一致的件装货物可免交。
5．出口收汇核销单。一切出口货物报关时，应交验外汇管理部门加盖“监督收汇”章的出口收汇核销单，并将核销编号填在每张出口报关单的右上角处。
6．海关认为必要时，还应交验贸易合同、货物产地证书等。
7．其它有关单证。包括：
（1）经海关批准准予减税、免税的货物，应交海关签章的减免税证明，北京地区的外资企业需另交验海关核发的进口设备清单；
（2）已向海关备案的加工贸易合同进出口的货物，应交验海关核发的“登记手册”。