货物运输纠纷交通运输部门负责处理。
运输合同纠纷出现后，大多数情况下，合同当事人双方会考虑到多年良好的合作关系和商业因素，互相退一步，争取友好协商调解，在此基础上达成和解协议，解决纠纷。这是最佳的方式。但也会有一部分纠纷经过双方较长时间协商还是无法解决的，可以要求有关机构调解，如果一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。
物流运输纠纷的类型：
1、单证纠纷。单证纠纷主要发生在承运人和托运人之间。此类纠纷包括：因单证瑕疵引起的纠纷；因承运人签发单证时的失误引发的纠纷；因托运人未与收货人达成协议，却要求签发特殊单证（倒签或预借提单）而在承运人与托运人之间产生的纠纷；
2、货物损失、灭失的纠纷。该类纠纷一般发生在承运过程中。造成此类纠纷的原因很多，可能是由于托运人自身的过失造成的，如包装不良、标识不清引起，也可能是承运人的过错造成的，如积载不当、操作失误、运具选择不当等。另外，还有不可抗力造成的货物损失、灭失，应根据风险分配原则分担风险；
3、延迟交付纠纷。这是指因承运人在合同约定期限以后进行交付而发生的纠纷。纠纷发生的原因主要有：因承运货物发生交通事故；因积载能力而必须将货物延迟发送；因过失造成中转滞留；因某种原因而绕行导致发生纠纷；
4、运杂费纠纷。这是因为托运人或收货人的故意或过失，未能及时或全额交纳运费，以及因在履行合同中所发生的其他费用而发生的纠纷；
5、运输工具损害纠纷。这是指因托运人的过失，造成对承运人的运输工具损害而引发的纠纷。
综上所述，物流公司主要由交通运输部门进行管理。交通运输部主管全国道路货物运输和货运站管理工作。县级以上地方人民政府交通运输主管部门负责组织领导本行政区域的道路货物运输和货运站管理工作。
法律依据
法律依据：
《道路货物运输及站场管理规定》第五条
交通运输部主管全国道路货物运输和货运站管理工作。
县级以上地方人民政府交通运输主管部门（以下简称交通运输主管部门）负责本行政区域的道路货物运输和货运站管理工作。