1999年，在北京大学“中国农村基层组织建设与农村社会可持续发展”国际研讨会上提出“过程—事件分析”的研究策略；
2000年，与其同事和学生一起在《清华社会学评论》上发表“当代中国农村国家—农民关系的实践形态”一组文章；
2001年，在“过程—事件分析”的基础上提出“实践社会学”，倡导对中国市场转型实践过程的研究。《迈向实践社会学》发表在《学海》2002年第三期，《实践社会学与市场转型过程分析》发表在《中国社会科学》2002年第五期；
2002年，在有关研讨会上宣读了《90年代以来中国社会结构演变的新趋势》长篇研究报告。是为研究改革以来中国社会结构变迁的第三个系列报告，对90年代以来中国社会结构的演变进行了系统的论述；
2003年，出版《断裂----90年代以来的中国社会》一书，其中“断裂社会”的理论观点被海内外报刊广泛转载。同年提出“新失业群体”的概念；2004年，出版《失衡----断裂社会的运作逻辑》和《转型与断裂----改革以来中国社会结构的变迁》，提出社会断裂的基础是社会权利的失衡。
2005年，在《社会转型：发展社会学的新议题》中提出发展社会学中现代化理论、发展理论、转型理论的构想；出版《博弈：断裂社会中的利益冲突与和谐》，提出利益博弈开始成为当今中国社会生活的主题和形塑利益格局的重要机制。
2006年，出版《守卫底线—转型社会生活的基础秩序》，提出守卫社会生活的底线和重建社会基础秩序，并以此对“制度是如何失败的”问题提出新的解释；提出以延长社会学核心概念解释链条的方式，强化社会学学科的解释力度，以适应社会转型对社会学的新挑战。
2009年，出版《重建社会—转型社会的秩序再造》，提出在关于稳定的问题上，我们需要有一个新的思维，即用秩序思维替代稳定思维。我们要准确判断中国发生的矛盾和冲突的性质，准确判断社会发生大的危机的可能性。在这个前提下，用充分的自信来面对这个社会，面对这个时代。作者认为，我国社会的冲突是基于利益的冲突，利益冲突是理性的冲突、是正常的社会现象。我们的任务不是消灭这种现象，而是要为这种现象的发生设立规则，为这种问题的解决提供制度化地方法。