参见：猪笼草属自然杂交种列表
马来王猪笼草与许多其他猪笼草之间存在自然杂交种，并与之同域分布。因马来王猪笼草在一年中的任何时候都可以开花，所以自然杂交种相对容易出现。查尔斯·克拉克认为，“马来王猪笼草的花粉可以传播到相当远的地区。因此，在一些附近不存在马来王猪笼草的地区也可以发现马来王猪笼草的自然杂交种”。不过它的花粉最远也只能传播10公里。已发现了马来王猪笼草与基纳巴卢山上的所有猪笼草之间的自然杂交种。因为马来王猪笼草的自然杂交种会继承其生长速度缓慢的特点，所以其很少被用作为工人杂交的亲本。
现已知的马来王猪笼草自然杂交种： N. burbidgeae × N. rajah [=N. × alisaputranaJ.H.Adam & Wilcock (1992)] N. edwardsiana × N. rajah N. fusca × N. rajah N. lowii × N. rajah N. macrovulgaris × N. rajah N. rajah × N. stenophylla N. rajah × N. tentaculata N. rajah × N. villosa [=N. × kinabaluensisSh.Kurata (1976) nom.nud.] 在基纳巴卢山国家公园的“山地花园”中有大量生长良好的猪笼草，其中包括了马来王猪笼草与窄叶猪笼草的自然杂交种。该自然杂交种的叶片类似窄叶猪笼草，而笼盖和笼翼与马来王猪笼草一致。其唇受窄叶猪笼草影响较大，但在笼盖的边缘又存在长毛，呈现其父母本的中间型。其生长于海拔1500米至2600米的地区。
马来王猪笼草的自然杂交种中有两种已被命名，分别为阿里猪笼草和基纳巴卢山猪笼草。其都已列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录二中，同时被世界自然保护联盟列为易危物种。
阿里猪笼草（N. × alisaputrana）得名于沙巴公园前董事长拿督·拉姆里·阿里。其仅存在于基纳巴卢山国家公园，生长于海拔2000米开阔处的矮小植被中，基质为蛇纹石土壤，常与豹斑猪笼草同域分布。阿里猪笼草继承了父母本双方的性状，特别是它继承了马来王猪笼草捕虫笼巨大的尺寸，可高达35厘米，宽至20厘米。马来王猪笼草的其他杂交种都没有可以与之媲美的捕虫笼。阿里猪笼草区别于豹斑猪笼草的特点是，其唇更宽，笼盖更大；而区别于马来王猪笼草的特点是，其笼盖的结构不同，毛被为棕色且较短，唇较窄而更接近于圆柱形，捕虫笼的颜色通常为黄绿色并具红色或棕色的斑点。因此，安西娅·飞利浦和安东尼·兰姆也将阿里猪笼草称为“豹纹猪笼草”。阿里猪笼草的唇为绿色至暗红色，具紫色的条纹。叶片为略呈盾状。阿里猪笼草很善于攀爬，很容易产生上位笼。
虽然阿里猪笼草的形态更接近马来王猪笼草，但它们之间的区别仍很大，一般不易混淆。不过在阿德里安·斯莱克所著的《食虫植物与种植》（Insect-Eating Plants and How to Grow Them）中仍将阿里猪笼草误认为是马来王猪笼草。
基纳巴卢山猪笼草（N. × kinabaluensis）是另一种已命名的马来王猪笼草自然杂交种。其捕虫笼也很巨大，但不如马来王猪笼草和阿里猪笼草。其为婆罗洲最著名的两种猪笼草自然杂交而成：马来王猪笼草和长毛猪笼草。基纳巴卢山猪笼草仅存在于基纳巴卢山及附近的坦布幼昆山，并与亲本同域分布。更具体来说，其存在于帕卡洞附近的步道及卡鲁比斯河上游西岸的一个山脊的东南部。。唯一容易到达的分布地位于基纳巴卢山顶峰步道，拉央-拉央与直升机停机坪之间。原生地为由陆均松属（Dacrydium gibbsiae）及薄子木属（Leptospermum recurvum）植物组成的树林，海拔约2900米。基纳巴卢山猪笼草的海拔分布范围为2420米至3030米。原生地通常为云雾森林。
基纳巴卢山猪笼草与马来王猪笼草之间的区别在于，其存在突出的唇肋及细长的唇齿。唇边缘扩展，笼盖为圆形或肾形，几乎水平。一般情况下，其捕虫笼大于长毛猪笼草。笼蔓与叶片的衔接处距离叶尖1至2厘米，该特征继承于马来王猪笼草。成年植株的笼蔓几乎是木质的。其捕虫笼和叶片边缘具绒毛，呈亲本的中间型。下位笼具一对笼翼，而上位笼通常缺失。捕虫笼为**至血红色。其比亲本更容易产生上位笼。
基纳巴卢山猪笼草呈其亲本的中间型，可很容易的与婆罗洲的其他猪笼草属植物区分开来。但其曾在《莱茨领你到食虫植物世界》（Letts Guide to Carnivorous Plants of the World）中被误认为是马来王猪笼草。
1910年，莉莲·苏泽特·吉布斯在堪巴兰格附近首次采集到了基纳巴卢山猪笼草。1914年，约翰·缪尔黑德·麦克法兰将其称为“Nepenthes sp.”。虽然约翰·缪尔黑德·麦克法兰没有对其进行正式命名，但他指出“所有现有的形态细节表明其为长毛猪笼草与马来王猪笼草的杂交种”。
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