运输成本高
目前，中小型零售企业大部分还是使用邮政小包和专线的方式进行物流运输，商业快递物流费用太高，如果客户批发得多的话可以考虑，客户只买一件的话发商业快递就得不偿失了。然而，邮政小包或专线的成本总体来说，还是要高于商品的利润，一般来说，物流成本应当控制在总成本的30%左右。比如邮政小包，寄到美国的价格大约是90元/KG，寄到巴西、墨西哥的价格大约是110元/KG，在加上报关费、挂号费，如果货物在运输途中丢失或者被海关退回，跨境电商零售企业的跨境物流成本会进一步增加甚至亏本。跨境物流的运输成本仍然是制约中小型跨境电商零售企业发展的一个最重要因素。
（2）运输时间长，物流信息跟踪不及时
跨境物流环节多，涉及范围广，国内运输、海关检查、清关、国外配送等环节所消耗的时间，要远远多于国内物流运输。中小型跨境电商零售企业为了控制物流成本，往往会选择物流成本更低的物流方式，我们都知道，商业快递之所以价格贵，除了他的服务范围广、服务好之外，还有一个就是运输时效快，签收时间短。选择物流成本低的运输方式，其物流周期也会增加。比如邮政小包，正常情况下物流时效是15个工作日-20个工作日，如果遇上特殊情况，比如一些偏远地区或者难清关的国家，可能要2-3个月才能签收。而且邮政小包的物流信息跟踪不全面，物流信息更新滞后，卖家或者买家都不能知道货物具体到达哪个国家、港口、机场等，什么时候派送不知道，货物在哪不知道，什么时候能收到货不知道，物流信息不详细、追踪不及时的问题仍然制约着跨境物流的发展。
（3）商品退换货难，客户体验度差
网购并不像我们去逛实体店一样，能亲自观察接触到实物，我们只能通过卖家的、描述来对产品有一个大体的了解。由于没有亲自体验过，当客户收到实物后，预期与实际产生落差，产品质量不过关、产品尺码颜色不对、产品性能缺失等问题会随之而来，容易产生退货或者差评问题。而跨境电商的退货不像国内这样，卖家承担运费退货，国外退件的运费是非常昂贵的，较之发出去的运费要高出几倍甚至几十倍，对卖家而言，宁愿弃货、重发，也不愿退换货的。而且就算退回来，也没有一条完整的退货物流渠道，在退回过程中，也有可能丢失，退回国内在重发新的产品出去，一回一来，运输成本会大大增加，所赚取的利润都不足以填补来回的运输费用；运输时间也会增加，客户很有可能不想等待，向你提出退款要求或者差评，客户的购物体验度差，影响店铺的信誉和形象。
（4）海外仓使用率低
海外仓能实现减少货物跨境物流运输周期长的问题，还能解决客户退换货问题，缩短派送时间，并且确保商品的质量，进而提升当地消费者对跨境产品的认可。但海外仓对于中小型跨境电商零售企业来说，使用的频率非常低，一是因为产品零售，可能全球各地都接单，不局限于专做哪一国家；二是因为海外仓的仓储费用昂贵，对于中小型跨境电商企业来说，昂贵的仓储费用是一笔非常大的开销，三是因为海外仓的产品库存难控制，运输途中产生的残次品，仓库堆积的滞销品，客户退货的退换品，这些都需要卖家去考虑应当如何处理，销毁亦或者低价销售在或者运回国内，处理费用也是一笔不小的支出