为客户代垫运费计入其他应收款科目。
其他应收款是指企业除买入返售金融资产、应收票据、应收账款等以外的其他各种应收及暂付款项，会计科目的一种。
其主要包括应收的各种赔款、罚款，应收的出租包装物租金，应向职工收取的各种垫付款项，备用金存出保证金，预付账款转入，其他各种应收、暂付款项。
本科目核算企业除存出保证金、拆出资金、买入返售金融资产、应收票据、应收账款、预付账款、应收股利、应收利息、应收保户储金、应收代位追偿款、应收分保账款、应收分保未到期责任准备金、应收分保保险责任准备金、长期应收款等经营活动以外的其他各种应收、暂付的款项。
其他应收款包含内容：
1、应收的各种赔款、罚款。如因职工失职造成一定损失而应向该职工收取的赔款，或因企业财产等遭受意外损失而应向有关保险公司收取的赔款等。
2、应收出租包装物租金。
3、应向职工收取的各种垫付款项，如为职工垫付的水电费、应由职工负担的医药费、房租费等。
4、备用金（向企业各职能科室、车间、个人周转使用等拨出的备用金）。
5、存出保证金，如租入包装物支付的押金。
6、预付账款转入。
7、购买股票后应收的包括在股票价格中的已宣告发放的股利（或者在“投资收益”中计入）。
晕
你们那是关联方销售，意义不大的。
当然决定权在你们母公司本身。
既然子公司将运输计入产品销售价格，那么母公司将之作为存货成本是没有错误的，因为这样，母公司还可以多抵扣一些增值税进项税额，对于整个集团来说是合适的。只是后来如果对于关联方销售需要调整合并会计报表那也与你的问题无关。
对于你们生产部的要求，哈哈，那是管理上的事（可能存在内部控制），但是通常生产部门无权决定运费是否作为销售费用还是产品成本。根据你所说的情况我判断这可能与考核及评价业绩有关，但这是管理报表上的事情，与财务报表无关（或者有关而在财务报表之外再编制一份管理报表）。业绩评价可以使用非财务报表或者对财务报表进行与管理考试相关的调整之后进行，比如在进行考核时，将上述运费从产品成本中扣除，以扣除后的成本作为对你们生产部考核的基数。
另外，请你们公司慎重地对待关联方交易与增值税问题。