1.引爆摩天楼
（1997）
讲述了一个绝对对称完美主义的建筑师利用频频发生的爆炸案对柯南发起的极限挑战的故事。是一部制作得极其精良的作品，从故事情节上来说，并不是一个简单的杀人事件，而更像是美版的“虎胆龙威”以及“007”系列的综合版。在频频发生的爆炸案要求柯南必须在瞬间做出果断的抉择，同时还要时刻警惕罪犯向下一个目标发起攻击，此外柯南还必须发挥他的超级推理能力，将隐身于幕后的黑手绳之以法。全剧的推理性并不强，凶手几乎是显而易见的，它的胜利在于惊心动魄高潮迭荡的故事情节和气势宏大又充满真实感的火爆场景，当然新一和小兰之间的真情流露也是另一个不容忽视的卖点。剧中制作人员非常注重场景的真实性的表现的。高耸入云的米花大厦，气势恢宏的铁路大桥以及复古风格的儿童公园都显得是那样的美丽真实，给人一种身临其境之感。而频频出现的逼真爆破场面，更是锦上添花。而结尾处，那根连系着新一和小兰的拯救世人命运的红线触动了多少人的心啊！
2.第十四个目标
（1998）
讲述了一个因交通意外而失去味觉的调酒师所展开的疯狂报复的故事，此剧秉承了《柯南》系列一贯的作风：变态的犯罪策划者，惊险的爆破场面，以及接连发生的凶杀案。唯一的例外是加入了小兰的父亲毛利小五郎和前妻妃英里的感情纠葛戏。华丽的布景可以说是它最大的卖点，特别是故事的高潮发生地——宏伟而神秘的海上饭店，在制作场景时，制作人员将东京以台场为中心的沿海街区真实的再现于动画中，加之以此真实地点为原型的而构造的海中摩天大厦，效果可以说是异常的浪漫动人。再加上那首由日本著名乐队ZARD演唱并被公认为《柯南》所有剧场版里最动听的主题曲——《仿佛回到少女时代》，以及结尾处小兰和柯南的“意外之吻”，使得此剧在日本上映时，票房超过了10亿元！
3.世纪末的魔术师
（1999）
这部无论是从故事情节上还是从场景设置上都恢复了第一部所具有那种高水准，主要内容是围绕着一颗罗马诺夫王朝的皇室秘宝「记忆彩蛋」而展开的。柯南最强的对手－－“怪盗KID”再次登场，而小兰也开始怀疑柯南与新一的关系，名侦探——江户川柯南，终于要面对他生平最大的危机，同时，也是史上最难解的谜团！在制作此剧时，工作人员为了贯彻柯南系列所特有的那种写实场景风格，拍摄了大量的实景照片，取景地点从大阪到横须贺，范围大到豪华客轮小到民宿民宅，连步美所住的那栋豪华住宅，就是取景于青山刚昌本人所居住的高级住宅楼（再一次感叹，日本的漫画家真的都非常非常的有money！）。本片中的登场人物非常之多，几乎柯南系列中的所有人物都出现了，尤其是惯偷KID常常变装，在众人的眼皮下以多种形象出现，但因为故事情节的巧妙编排，所以看起来并无杂乱无章之感，反而显得更加的跌宕起伏，曲折动人。
4.瞳孔中的暗杀者
（2000）
很有悬念的一部。剧中小兰身处案发现场，由于种种原因而失忆了。但是因为连续杀人犯在开枪时，被小兰看到了他的模样，而小兰即遭到了随时被狙击的命运！同时这件杀人案又有可能牵连警察内部，平时值得信任的刑警也被当作了嫌犯。为了唤起小兰的记忆最好的方法就是让他见到新一，但是……柯南又要如何化解这次的危机！究竟犯人是谁？会是普通小娄娄，或是为居高阶级的警察官！？柯南即将面临史上又一次最大危机！！这次的高潮部分发生在新一变小的那个游乐场，这次柯南又要一显他特工般的划板工夫了……
5.通往天国的倒计时
（2001）
柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。
一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋长的一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士！不久之后第一个杀人事件发生了…。而且，令人不敢相信的是《黑暗组织》的成员竟然同时也在大楼附近出现，这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁联络……
而柯南的真正身份会被那些家伙发现吗？且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的劝说，双塔摩天大楼的开幕典礼仍按照预定进行。为了查出这场发生在总楼层高300公尺的高科技摩天大楼的杀人事件真相，柯南将与其宿敌——也就是当初逼迫工藤新一喝下毒药使他身体缩小的凶手—《黑色组织》展开一场史上最恐怖的攻防战……
6.贝克街的亡灵
（2002）
东京·米花市·米花市政大楼，这里正在举行，能够一举改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏「茧」的发表会。结合了最先进技术的「茧」，其游戏方式是先进入一部外型酷似蚕茧的大型胶囊，透过计算机的操作让游戏者沉睡于历史上曾经发生过事件的时代，并进行挑战的虚拟体验游戏。柯南、小兰、灰原以及少年侦探队的成员们也接获邀请，前往参加这场受到全世界瞩目的发表会，并阴错阳差的混入政界、财经界以及演艺界等代表人物的小孩群中，趁机乘上了「茧」。另一方面，「茧」的研发者兼负责人—坚村，竟然在发表会会场遭到杀害。而在这起杀人事件发生的同时，一个自称「诺亚方舟」的人工智能闯入「茧」的计算机系统，并切断身处虚拟世界的50名孩童所有能与外界连结的管道，对现实世界中所有的招待者宣布：「在这场解决历史事件的游戏中，只要有一个人能够存活到最后就算你们赢。不过如果没有人能够存活到最后，参加游戏的所有人就会葬命于此。」开始了一场失控的游戏……
少数知道柯南身份，同时也是工藤新一的父亲，世界名推理作家—工藤优作也是这场发表会的特别来宾。优作负责监修「茧」游戏中的历史事件，虽然能透过推理找出坚村遭到杀害的原因，但关于柯南一行人，他只能在控制室看着他们的表现。柯南一行人必须在「茧」所设定重现的19世纪伦敦贝克街，同时也是福尔摩斯留下无数传说之地，挑战一连串的考验。一场结合虚拟实境与现实，用50条生命为赌注的游戏即将开始！
7.迷宫的十字路口
（2003）
又是樱花漫舞的时节，整个剧场版充满浓重的日本传统气息。在历史古都京都连续发生多次案件，而这些案件多数建筑于历史背景之上。隐藏于历史暗影中的谜团和陷阱、远远超出想象的事件向柯南和平次袭来！复杂交织的假相与埋在历史中的种种迷题，柯南点燃真相之光。棘手案件与推理、友情和恋情……还有柯南的身体终于……？！
在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害；与此事件同时，大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团「源氏萤」的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名「义经」，部下则以「弁庆」为首，各自以家将姓名相称。
另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的住持委托他们解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像，因而请来了小五郎帮忙。柯南怀疑佛像是遭到窃盗集团「源氏萤」所窃，事件开始向破解的方向进展。然而在他到达义经、弁庆的传说流传的历史遗迹——最著名的京都五条大桥调查时，有个手持竹刀的男人突然来袭！
瞬间躲过袭击的柯南，看到那名男子后感到十分惊奇。那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探——服部平次，同时也是少数知道柯南就是工藤新一的人物之一。他也是为了追寻在大阪发生的窃盗集团成员被杀事件的真相而到达京都，总是在较劲的柯南与平次，这次为了查出事件的真相，决定连手进行调查，但是，两人万万没想到，戴着面具的黑影男人居然就出现在他们面前！
在稠密的京都十字路口，隐藏于历史阴影的谜题及陷阱将袭击柯南一行人！难解的事件、细腻的推理、友情、爱情以及主要角色全员到齐！而柯南的身体终于……
8.银翼的魔术师
（2004）
演员牧树里所拥有的珠宝“命运的宝石”被锁定成为目标！预告函的署名是怪盗基德。但是，预告函为什么是送给工藤新一？基德会再次在柯南面前现身吗？惨剧的真相到底是什么？26个文字、滑道、怪盗基德，这一次的谜题是什么？关键又会是什么？
某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委讬。委讬内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指——“命运的宝石”。
于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来**这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧，在剧场里错综复杂的人群中，基德到底会假扮成谁出现在大家面前？在紧张的埋伏等候中，出现在大家面前的竟然是工藤新一！？
柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一，一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前，柯南发现假的工藤新一不见了，随即追上，但却在一片混乱之中来是让基德逃脱了。
不过，“命运的宝石”终究是保护住了，牧树里为了表示感谢，邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱里，一幕精心设计的杀人剧码就在大家面前实际上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解开发生在飞机上的密室杀人事件，到底柯南要怎么行动？
9.水平线上的阴谋
（2005）
除了故事本身的不同，第九部剧场版的制作相当出彩，由于故事的场景设定在一艘豪华游轮上，这就为画面的表现提供了很大的发挥空间，制作以后的效果也确实配得上这样的背景，甚至影片上映前就有宣传拿“铁达尼”来相比了，虽说有些夸大，但未尝不是一个方面。实际比较柯南历次剧场版以后，可以发现本片的场面还算是比较的恢宏夺目，理应属于九部剧场版之中的上乘之制作。可以说这是一部仿效好莱坞**豪华场面的动画片，特别是结尾惊心动魄的场景设置，声画视听完全是一幅动作片的手法，那么不仅仅只局限于柯南迷们，所有喜欢动画片的观众，似乎都适合看一看这部**。当然，对于柯南迷们而言，本片应该没有让他们失望，但是也没有什么新鲜的味道，只是华丽场面的增加而已。PS:毛利小五郎这次可是有勇有谋、文武双全。
15年前的一个雾色浓稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的货轮“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川发生事故沉没。万幸的是船上大部分人都逃过这一劫难，只有船长和一名船上的高级干部不幸罹难身亡。
时间回到15年后的现在，地点是日本东京西多摩市的别墅密集区，八代财团旗下分属八代造成业的设计师八代英人，开车的时候心脏病突发，结果车子不幸掉下山崖造成车毁人亡。谁也没想到，时隔15年且分别发生在海洋和陆地上的两起事故，会是一项重大阴谋的开始。
镜头转到正在太平洋上航行的豪华客轮阿芙洛迪特号上，这是根据希腊神话中的代表美丽的爱神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小兰和毛利小五郎受到园子邀请，参加这首船的处女航。理所当然，这么受到瞩目的豪华客轮，参加处女航的都是些政界、社交界的绅士名媛。
然而没多久，船上出现了可疑分子，园子更遭到袭击被其监禁，幸运的是根据柯南的推理顺利找回了园子，正在众人欢欣鼓舞的时候，却发生了杀人案件。被害者正是这次处女航的主办人，八代客轮的社长八代贵江，她是半个月以前车祸身亡的八代英人的妻子，紧接着八代财团的董事长，贵江的父亲八代延太郎也从船上神秘消失……
获悉此事的目暮警官带着一群警察上船来搜查，同时出动了东京海上保安厅的人对海上进行搜查，陆地上也有警视厅的人在八代英人出事的地点进行再搜查。与此同时，理所当然地我们的小主人公柯南也展开了他最擅长的推理。而这次包括乘客和船上工作人员，总共有600名嫌疑人。于是柯南、毛利小五郎以及警方分别展开了各自的调查，与此同时，犯人也正展开他巨大的阴谋。
为了不影响乘客的情绪，船上的晚宴仍然如期举办。在柯南的努力下，真相即将被揭发时却突然发生了重大意外——油轮的机房发生了大爆炸！犯人更在整艘油轮的主要机房内都安置了炸弹，整个船身不停摇晃，让船员和乘客都惊恐万分，全船600条人命，就悬于疯狂的犯人一念之间。
置身于无处可逃的大海上，引起了极大的恐慌和混乱，人们陷入了极度的不安中。更糟糕的是，这次连小兰也被卷入了危险里面——当然，本片的结果，依旧是正义战胜邪恶，柯南用他名侦探的推理救出了小兰，不过出人意料的是，这次掌握事件关键的，却是新一和小兰超越了时间的羁绊。
10.侦探们的安魂曲（侦探们的镇魂歌）
（2006）
在《周刊少年Sunday》上极受好评正在连载中的青山刚昌原作《名侦探柯南》迎来了连载的第12个年头，漫画更是刷新了Sunday漫画系列中最高的1 亿本的超级记录。作为在读卖电视台、日本电视台的动漫系列中热播的动画，2006年1月虽迎来了放映10周年纪念，但其前进的步伐并未停止。
剧场版观众突破2000万人。渐渐地，纪念**放映10周年的作品也开始制作了。系列集大成之作的第10部作品《侦探们的安魂曲》已定于2006年4月全面公开。
接受谜样男子的委托，小五郎和柯南一行人前往横滨。但是，却中了那名男子的圈套，兰和少年侦探团被扣为人质。男子限时12小时。该期间内若不能解开被委托的事件的真相，兰等人便会被炸弹炸成碎片。更令人吃惊的是，那名男子，居然知道柯南的真身就是工藤新一！
“关西的高中生侦探”服部平次及怪盗KID也会登场！！
时间一分一秒的流逝。柯南等人能解开事件的关键、在规定时间内平安解救出兰等人吗！？谜一般的委托人、黑影的真正身份是……
11.绀碧之棺 （深蓝色的海盗旗）
（2007）
在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。
“神海岛”流传这两个传说，一个是沉入海底的古代遗迹“海底宫殿”，它是沉入神秘岛海域的巨大岩石建筑群，虽然研究者纷至沓来，但始终没有人能解开“海底宫殿”的秘密，另一个传说是300年前活跃在加勒比海的2名女海盗“安妮·邦尼”和“玛莉·雷德”遗留下来的财宝，据说她们乘坐的海盗船遭到英国海军的攻击时，只有她们2人勇敢的战斗。随着调查的深入，迷一般的文字“Jolly Roger”浮出水面，宝藏的秘密近在眼前。然后要接近真相总要经历磨难，柯南他们找到的一部分财宝被谜一样的宝物猎人抢走了，而宝藏猎人的魔手也伸向了兰和园子，他们的目的究竟是什么？隐藏在传说中的真相是什么？隐藏在海底宫殿中的秘密又是什么？超越300年的暗号，柯南一一解明。
12.战栗的乐谱
（2008）
近日，发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有超强乐感的天才歌手的歌声。
可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑的事件。而在音乐会当天，柯南等人所在的音乐会场，突然发生了大爆炸。众人被包围在火海中……