发展目标和功能定位
发展目标
崇明的发展要以科学发展观为统领，按照构建社会主义和谐社会的要求，围绕建设现代化生态岛区的总目标，大力实施科教兴县主战略，坚持三岛功能、产业、人口、基础设施联动，分别建设综合生态岛、海洋装备岛和生态休闲岛，依托科技创新，推行循环经济，发展生态产业，努力把崇明建成环境和谐优美、资源集约利用、经济社会协调发展的现代化生态岛区。
功能定位
崇明三岛功能定位围绕世界级生态岛的总体目标，主要体现以下六个方面：
1、森林花园岛 。形成以长江口湿地保护区、国际候鸟保护区、平原森林、河口水系为主体的生态涵养功能。
2、生态人居岛 。形成布局合理、环境幽雅、交通便捷、文化先进的生态居住功能。
3、休闲度假岛 。形成以休闲度假、运动娱乐、疗养、培训、会展为主体的生态旅游功能。
4、绿色食品岛 。形成以有机农产品、特色种养业和绿色食品加工业为主体的生态农业功能。
5、海洋装备岛 。形成以现代船舶制造和港机制造为主体的海洋经济功能。
6、科技研创岛 。形成以总部办公、科技研发、国际教育、咨询论坛为主体的知识经济功能。
总体空间布局
按照生态崇明的总体目标和功能定位，统筹三岛空间布局。
崇明岛综合体现“长江入口绿色之岛、人与自然和谐发展”。规划建设用地约207平方公里，约占岛域土地面积的16.8% 。
长兴岛以现代船舶和港机制造为特色的岸线产业岛。规划城镇建设用地约31平方公里，占岛域面积的38.8% 。
横沙岛以休闲度假为特色的旅游度假岛。规划城镇建设用地约6.4平方公里，占岛域面积的12.3% 。
七大功能分区
按照“统一规划、资源整合、优势互补、联动发展”的要求，崇明划分为七大功能分区：
崇东分区：以生态居住、休闲运动、国际教育为主的科教产业集聚区和门户景观区。
崇南分区：人口集聚的田园式新城和新市镇区。
崇西分区：以国际会议、滨湖度假为主的景湖会展区。
崇北分区：以生态农业为主的规模农业区和战略储备区。
崇中分区：以森林度假、休闲居住为主的中央森林区。
长兴分区：以船舶、港机制造业为主的海洋装备岛。
横沙分区：以休闲度假为特色的生态旅游度假区。
产业发展规划
根据建设生态岛的总体目标，积极创造条件，逐步实现三次产业的融合发展。崇明产业发展的重点是：
休闲型旅游度假和户外运动产业
重点发展户外假日运动基地、大型主题乐园、度假和休疗养中心、国际邮轮、长江游艇停泊港和农家乐旅游等。
生态型现代农业
大力推进以高效生态农业为主的现代农业，重点发展绿色种养业、观光农业，建设明珠湖生态观光园、东平国家森林公园、前卫村生态农业示范区等三大观光农业基地。
自然型现代办公服务业
崇明拥有上海地区最接近大自然的良好生态环境，有条件建设上海现代服务业高地、吸引国际组织和跨国公司总部进入。主要发展方向包括跨国公司总部、研发中心、国际组织机构所在地、国际高等教育办学区、商务会展设施等。
清洁型工业
倡导循环经济，推行清洁生产。重点依托长兴岛发展船舶制造和港机制造产业，拓展海洋装备产业的发展空间；依托现代化农业园区，发展具有自然资源优势的绿色食品加工业；依托绿色产业园区，发展具有现代生态理念的科技密集型产业；依托市级工业园区，发展能创造较多就业岗位的都市型工业。
市政基础设施规划
综合交通规划
形成“三岛联动、内外结合、模式多样、各具特点”的生态型现代化综合交通体系。
以上海长江隧桥工程建设为契机，加快建设陆上交通干线网络和重点城镇的现代化交通枢纽。
1、公路网络规划
规划崇明将建设沪崇苏高速公路，同时设置三处对外连接的出入口，分别是崇明岛南部往长兴岛通往浦东的上海长江隧桥，崇明岛北部通往江苏启东的崇启大桥和通往江苏海门的崇海大桥。规划三岛间通过高速公路和主要公路开成"工"字形干道进行沟通；崇明本岛形成“一环三横十五纵”的公路网络；长兴岛公路网构成“十”字形干路骨架，并进一步形成富有特色的“鱼骨”格局；横沙岛公路形成“一环+十字”的结构。
2、轨道交通规划
依据上海市轨道交通系统规划，轨道交通9号线将随上海长江隧桥一并经长兴岛最后延伸至崇明岛陈家镇和横沙岛；另外，规划预留轨道交通1号线通至城桥新城。
3、水路交通规划
进一步改善和发展南门、堡镇、新河、奚家港、马家镇、横沙港与上海市区的陆岛水上轮渡，同步发展三岛间的水上客运轮渡。在长兴岛建设中心渔港。规划在城桥新城、陈家镇、横沙岛设置旅游码头。在新河港设置集装箱码头。
4、航空交通规划
崇明岛现状有一座军用机场，可适时发展为军民合用机场。规划在陈家镇、明珠湖休闲度假区以及横沙岛北侧设置直升机起降点，满足特定需求。
给水设施规划
规划建设城桥、堡镇、陈家镇、崇北、崇西、长兴6个水厂。规划在长兴岛西侧拦围建设青草沙水库，作为上海市市域范围内主要取水水源之一，满足三岛供水，并向市区供应原水。
排水设施规划
按照“集中处理和分散处理相结合”的原则，规划划分9个处理片区。建设城桥、凤凰等5个污水处理厂和崇北、东滩等4个湿地污水处理系统。