创始人亨利·贾维斯·雷蒙德在大学时，就曾为格里利的报刊投稿，毕业后即成为格里利的首席助手，后来同格里利发生冲突，便离开《纽约论坛报》，另图发展。 在1851年，雷蒙德和乔治·琼斯分析纽约报界的情况后发现：《纽约太阳报》、《纽约先驱报》、《纽约论坛报》这三大便士报虽然都获成功，但《太阳报》和《先驱报》的新闻过于刺激，而《论坛报》又过于偏激。于是他决定创办一份纯正、议论平和的报纸，来打破当时在纽约盛行的花花绿绿的新闻报道方式。
1851年9月18日，《纽约每日时报》创刊，售价1美分。 1857年9月14日改用《纽约时报》，平日出90多版，星期日140版。1983年11月13日的一期星期日版达1572版，重量4.5千克多。发行量平日105.6万份，星期日164万份（1987）。
1869年，雷蒙德去世后，《纽约时报》的发行人由乔治·琼斯接替。在他主持期间，《纽约时报》揭露坦慕尼协会巨额贪污案，轰动一时。
1896年，阿道夫·奥克斯借了75,000元收购了濒于破产的时报，当时发行量约为9000份，负债30万且每周亏损2500多美元。奥克斯在接办《纽约时报》时就确定了时报的新闻报道原则：“力求真实，无畏无惧，不偏不倚，并不分党派、地域或任何特殊利益。”
他大胆地增刊扩版，在新闻报道上不惜投资，大量增加在当时颇为稀有的国际新闻内容。在他的领导下《纽约时报》获得了国际性的认可和声誉。虽然当时美西战争使得**新闻大行其道，但时报发行量依然到达8万2千余份。两年后，《纽约时报》的销售量就超过了10万份大关。1897年他提出了《纽约时报》的格言：“所有值得印刷的新闻”。这个格言被公认为对“**新闻界”的挑战。奥克斯要求出版一份严肃、庄重、富有教养的报纸提供给纽约精英阶层，同时也提出了一个针对**新闻的响亮口号：“报纸不该弄脏人们早餐的餐巾”。
1935年，奥克斯去世之后，其婿索尔兹伯格任发行人兼社长， 直至1961年。后为索尔兹伯格家族所有，与洛克菲勒财团关系密切。1969年起从家族企业变为股份公司，成为拥有多家美国报纸、杂志、电视台、广播电台和国外联合企业的大报团。
《纽约时报》第四代发行人是索尔兹伯格的独子，人称“彭区”的阿瑟·奥茨·索尔兹伯格，他励精图治，选拔麦森、罗森索等优秀编辑、经营人才，引进先进技术，开拓多元化经营。彭区在任30年，时报走出了濒临崩溃的困境，积累了雄厚的物质基础，1963年时报的总收入为1亿美元，到1991年，时报总公司的收入已达17亿美元，在这一过程中，《纽约时报》也完成了由家族式经营向市场式经营的转型。
1992年，经过多年培养后，彭区将时报发行人大印传给儿子小阿瑟·奥茨·索尔兹伯格。小阿瑟比父辈更追逐利润，他试图促成《纽约时报》平民化，使各种人群都能够接受，因此涉及“煽情新闻”，使得《时报》一度失去公众的信任。
2004年，报道伊拉克战争“情报门事件”挑战攻伊正当性。
2008年12月，受到次级房贷风暴和延伸的全球经济衰退影响，出现周转问题，将总部大楼抵押贷款。
2009年1月20日，向墨西哥富翁和电信巨头 Carlos Slim Helu借款2.50亿。
2009年3月9日，将新大楼的股份作价2.25亿出售回租（sale-leaseback agreement）。保留在2019年之前以2.50亿买回的权利。
2010年，为了维持盈利，《纽约时报》探索线上订阅等经营模式。
2012年6月28日，《纽约时报》中文网上线。网页版式与英文网站风格相对统一，并将《纽约时报》先进的数字化运营经验运用于中文网。
2012年8月14日，英国广播公司（BBC）前总裁马克?汤普森被任命为《纽约时报》新任执行总裁。
2014年3月26日，纽约时报公司公布了两个新的数字订阅模式，这两个新等级模式会提供给消费者新低价和溢价模式。
纽约时报的网络版
1、《纽约时报》 (The New York Times) 1851年创刊，为苏兹贝格家族(Sulzberger)所有。 2、《华盛顿邮报》(The Washington Post) 1877年创刊华盛顿，属格雷厄姆家族(Graham)所有。 3、《洛杉矶时报》(The Los Angeles Times) 创刊于1881年，属钱德勒家族(Chandler)所有。 4、《华尔街曰报》 (The Wall Street Journal) 1889年创刊。 5、《基督教科学箴言报》 (The Christian Science Monitor) 1909年创刊，由基督教科学出版社出版。 6、《芝加哥论坛报》(The Chicago Tribune) 创刊于1947年，在芝加哥出版。 7、《今曰美国》(Gannett Newspapers) 由甘尼特集团于1982年创刊。 四、美国主要期刊简介: 1、《时代周刊》 (TIME) time 2、《新闻周刊》 (NEWS WEEK) Newsweek 3、《美国新闻与世界报道》 (U.S. NEWS &WORLD REPORT) usnews 4、《读者文摘》 (READER’S DIGEST) rd 5、《商业周刊》 (Business Week) businessweek 6、《财富》 (Fortune) fortune
1996年1月，纽约时报公司建立了自己的报纸网站，提供《纽约时报》的在线阅读。1999年纽约时报公司整合了网络方面的业务，成立了独立核算的数字《纽约时报》（NewYorkTimesDigital）部门，负责《纽约时报》网站和波士顿环球网在内的40余个网站的业务，并设有各种类型的数据库以供读者查阅。
数字版的《纽约时报》在创办的第一年就已开始盈利，2003年数字版《纽约时报》营业收入8804.6万美元，税后利润2043.1万美元，比2002年增长147.4%。《纽约时报》网站，2002年创造利润1600万美元，2004年上半年又赢利1730万美元。在美国报业协会的评选中，《纽约时报》网络版2004年和2005年连续两年被评为全美最佳报纸网络版，2005年其地产版块还获得了最佳地产版的殊荣。
2014年1月，《纽约时报》网络版进行改版，改版后的主要变化有： 网页更加简洁，界面大量留白，去掉众多琐碎模块。 文章页去除了分页符。 多媒体内容拥有更大展示空间。 鼓励用户直接从文章进入到下一篇文章，不必再回主页。 网页对移动终端的适配性提高。 广告位置更少，研发更多新的广告形式。 首次推出了原生广告。 网站底层技术架构改变。