2000年，南雄市辖24个镇。根据第五次人口普查数据，全市总人口372844人，其中乌迳镇26303人、孔江镇6509人、新龙镇10087人、界址镇9975人、坪田镇8832人、黄坑镇19652人、邓坊镇9533人、油山镇7712人、大塘镇17727人、南亩镇11340人、水口镇17427人、江头镇8462人、湖口镇26516人、珠玑镇26055人、梅岭镇7081人、主田镇10465人、古市镇16503人、黎口镇18912人、全安镇16878人、苍石镇3363人、百顺镇9997人、澜河镇7796人、帽子峰镇7187人、雄州镇68532人。
2002年，南雄市辖24个镇（雄州、梅岭、珠玑、湖口、大塘、黄坑、乌迳、界址、水口、古市、百顺、澜河、黎口、邓坊、油山、孔江、新龙、南亩、坪田、江头、主田、苍石、全安、帽子峰），221个村委会、31个居委会。
2005年1月26日，撤销南雄市梅岭镇，并入珠玑镇；撤销黎口镇，并入雄州镇；撤销苍石镇，并入全安镇。截至5月底，南雄市辖18个镇（雄州、珠玑、湖口、黄坑、乌迳、界址、水口、古市、百顺、澜河、邓坊、油山、南亩、坪田、江头、主田、全安、帽子峰）。
2005年7月6日，撤销南雄市雄州镇，设立雄州街道办事处，作为市政府的派出机构。管辖原雄州镇的行政区域范围，共有7个居委会和13个村委会，总面积94.1平方千米，户籍人口89137人。办事处驻雄州大道中18号，即原镇政府驻地。
截至2005年12月31日，南雄市辖1个街道、17个镇：雄州街道、乌迳镇、界址镇、坪田镇、黄坑镇、邓坊镇、油山镇、南亩镇、水口镇、江头镇、湖口镇、珠玑镇、主田镇、古市镇、全安镇、百顺镇、澜河镇、帽子峰镇。共有31个居委会、208个村委会。
南雄市各镇（街道）村（居）委会名称 镇（街道） 村委会 居委会 雄州街道 河南、郊区、莲塘、铺背、水南、黎口、观新、荆岗、勋口、上坪、下坪、五洲、迳口 八一街、新城东、建国街、民主街、胜利街、幸福街、新城西 乌迳镇 乌迳、山下、鱼塘、新田、高溯、长龙、白龙、坪塘、响联、龙迳、黄塘、官门楼、孔塘、庙前、水松、黄洞、白胜、田心、大竹、孔江、兰丘 迳新 界址镇 下屋、崇化、赵屋、界址、百罗、大坊、大坑、马芫 界址墟 坪田镇 坪田、新墟、坪湖、龙头、迳洞、老宅、中坪、长坑、老龙、背迳、龙口、横岭、小塘、官陂 坪田 黄坑镇 黄坑、社前、小陂、塘源、溪塘、耶溪、中心、园岭、许村、上象 黄坑 邓坊镇 邓坊、里源、赤石、洋西、赤马、马战、茶头背、上湖、兰田 邓坊 油山镇 坪田坳、莲山、大兰、平林、黄地、爱敬、浆田、上浆、孔村、延村、锦陂、上朔、夹河口、大塘、黄田、下惠、古城 油山 南亩镇 长洞、水塘、中寺、岭下、中岭、水尾、芙蓉、鱼鲜、南亩、樟屋、官田 南亩墟 水口镇 云西、弱过、水口、大部、河村、大坪、沙头、下湖、赤岭、群星、石庄、下楼、泷头 水口 江头镇 坪岗、涌溪、元甫、江头、鱼仙、大汉、南甫、武岭、小竹 江头 湖口镇 里和、三角、三水、积塔、长市、新湖、新迳、矿石、岗围、湖口、太和、承平 湖口 珠玑镇 珠玑、洋湖、聪辈、长迳、新村、古田、叟里元、上嵩、里仁、塘东、石塘、里东、灵潭、祗芫、下汾、罗田、南山、梅关、梅岭、泰源、中站、角湾 珠玑 主田镇 大坝、主田、城门、塘山、西坪、西洞、窑合、高峰 大凤 古市镇 小坑、三角岭、溪口、修仁、丰源、柴岭、古市、丹布 古禄墟 全安镇 全安、陂头、羊角、古塘、王亭石、河塘、杨沥、荔迳、密下水、苍石、大坪、兰溪、章禾洞 全安 百顺镇 百顺、大沙洲、邓洞、东坑、湖地、尚睦、溪头、杨梅、朱安 百顺 澜河镇 白云、洞底、葛坪、澜河、上带、上澜 新街 帽子峰镇 洞头、富竹、梨树、坪山、上龙 富竹