京东自营的东西单件是不包邮的。订单中的生鲜商品和非生鲜商品分别计算金额、重量、运费，互不参与运费凑单，订单总计应收运费等于订单中的生鲜商品应付运费与非生鲜商品应付运费之和。
其中应付运费等于基础运费和续重运费之和。大家电等大件商品不计重量，不收续重运费，超出重量向上取整。例如超出重量2.54kg，按3kg计算续重运费。
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交易中的运费纠纷，京东根据“谁过错，谁承担”的原则处理，但买卖双方协商一致的除外。如果商家出现违反京东平台规则或未按约定时间发货、发错货、少件等发货问题，导致收货人未收到货、拒绝签收商品或者签收后退回商品的。
消费者可以申请退货、退款，相关运费需要由商家承担。收货人拒绝签收商品后，商家应当及时联系承运人取回商品，若商家怠于取回商品而产生额外的运费、保管费等费用，则由商家自行承担。
京东商城官网-购买京东自营商品运费收取标准
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?京东商城官网-运费问题管理规范
不论是运费上调还是免运费门槛上调，事实上都是京东在物流上降低成本的举措。京东商城有自营的京东快递，发货需要运费5元。京东规定，超过40元免运费优惠5元，等于免运费，另外京东分自营和合作商家。
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人民网北京2月6日电 京东昨夜发布公告，自2017年2月4日23:00起我们将对北京、上海、广州等13个城市的运费标准进行调整（大家电等大件商品运费不作调整，不计重量，不收续重运费）。
据了解，这是京东运费近期第三次调整，在此之前，京东分别于去年1月和12月进行了运费标准的调整。与12月相对常规的调整相比，此次调整看似更为优惠，但实际上免运费门槛有所提高。如京东自营订单中的生鲜商品和其他商品的配送费用分别计算。京东方面表示，为进一步提升生鲜的配送服务品质，京东对生鲜网络的配送服务进行了升级。
从1月19日23时起，京东将对自营生鲜商品的订单系统进行调整，生鲜商品和非生鲜商品形成独立订单并单独计算运费。这也就意味着，消费者购买京东自营的生鲜商品和其他商品订单无法合并计算运费，对于小额订单的消费者来说，与以往相同的购买量，或需多支付一份运费。
对于京东频繁的运费调整，中国物流快递网首席顾问徐勇在接受采访时表示，不论是运费上调还是免运费门槛上调，事实上都是京东在物流上降低成本的举措
参考资料：
人民网-京东再次调整运费标准