我也遇到这个问题，是这样处理的：
1、采购运费一般的情况下款不是付给供应商，而是付给车辆，所以必须在应付中分开体现。具体操作：采购开单
数量*单价=金额（这部分是采购的货款，在供应商项选择具体的供货单位）。本单完后，选择
业务-采购业务-采购费用分摊-调出单据，调出上述供应商，在选择里面选择单据，这时候可以进行费用分摊（这里需要特别指出的是在费用分摊完毕的时候，要将供应商改为车主或车号-可以新建一个-这样才可以保存，这样做有个好处就是运费及货款的应付是明细分开的，在应付报表中一下就可以查到应付货款或应付运费）。这样的话即解决了运费进入成本的问题，也解决了货款与运费分供应商付款明细的问题。
2、关于调拨运费进入货品成本方法：调拨单的开具我想你知道，不在赘述。在开完调拨单的时候，关闭调拨单。在采购收货这里新开一张收货单，供应商这里选择上面你新建的车号或车主，数量就是调拨单的数量，单价填写运费单价，金额就是运费金额，这样处理后运费成本金额就会自动追加到该货品中，可是数量多出了一笔，用采购退货单处理一下，退货的时候调出刚刚开的采购收货单-在单据上方选择里面，该单据只退数量（选择单据后自动生成），把退货单价改为0，退货金额同样为0，保存，OK。
速达3000我使用N年了，这是我在使用中的一点技巧，虽然麻烦了一点，但是解决了所有的问题。希望能帮助到您。共享一下下拉！