可以。运费发票要到地税开具，对方才可以抵扣的，运费不能和商品、材料等同时开在同一张发票上。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》
第十二条 条例第六条第一款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
扩展资料：
增值税专用发票开具的管理。
1、基本规定。一般纳税人销售货物（包括视同销售货物在内）、应税劳务，根据增值税暂行条例实施细则规定应当征收增值税的非应税劳务，除另有规定外，必须向购买方开具专用发票。
2、特殊规定。增值税一般纳税人有下列情况，不得开具增值税专用发票。
(1)向消费者销售应税项目；
(2)销售免税项目；
(3)销售报关出口的货物、在境外销售应税劳务；
(4)将货物用于非应税项目；
(5)将货物用于集体福利或个人消费；
(6)提供非应税劳务（应当征收增值税的除外）、转让无形资产或者销售不动产。向小规模纳税人销售应税项目，可以不开具专用发票。
-发票开具
如果卖家本来就可以开发票，并且货物发票一起发出去的。运费肯定卖家承担。卖家没办法发票和货一起发的，也是卖家承担。
如果卖家可以货票通行，但是买家要求发到另外的地方的话，那么运费就要买家自己出。