这个是受会计处理方式不同产生的，其实质还是已经扣除。
按照会计制度及相关准则规定，企业接受捐赠取得的资产，应按以下规定确定其实际成本(入账价值)：1捐赠方提供了有关凭据 (如发票、报送单、有关协议)的，按凭据上标明的金额加上应支付的相关税费，作为实际成本；2捐赠方没有提供有关凭据的，按如下顺序确定其实际成本：①同类或类似资产存在活跃市场的，按同类或类似资产的市场价格会计估计的金额，加上应支付的相关税费，作为实际成本；②同类或类似资产不存在活跃市场 的，按该接受捐赠的资产的预计未来现金流量现值，作为实际成本。3会计制度及相关准则同时规定，企业接受捐赠资产按税法规定确定的入账价值在扣除应交纳的所得税后，计入资本公积，对企业接受捐赠的资产，不确认收入，不计入接受捐赠当期的利润总额。
在这种情况下，发生的运费是无法冲抵接受捐赠物品的直接原值的，这与采购业务不同，采购业务发生的运费直接计入采购成本。
所以这时发生的运费支出从会计上讲应该直接计入当期损益，已经入账在企业所得税前扣除
然后在做所得税调整时，直接将接受捐赠物品的价值做所得税调整，所以出现你说的没有扣除成本的现象，这是会计账务处理和税务差异造成的。