商贸公司各地税务机关管理都很严格，主要是担心虚开增值税专用发票的问题，全国很多地方商贸公司出了问题。不知道你公司有没有库房或货场等，若有还好办些。
首先，你需要建帐大致需要这些帐本：现金日记帐、银行存款日记帐、总分类帐、明细分类帐、费用多栏帐、固定资产明细帐、应交税金（应交增值税）明细帐、库存商品明细帐、材料明细帐等。现在税务局认可的做法是：购货要有发票、入库手续，出库要有出库手续，所有入帐单据必须是合理合法的票据。帐务处理相对简单。
1、购入货物：借：库存商品
应交税费-应交增值税（进项税）
贷：应付帐款(现金或银行存款、应付票据等 ）
2、发出货物：借：现金（银行存款或应收票据等）
贷：主营业务收入
应交税费-应交增值税（销项税）
3、运费 借：营业费用
贷：现金
4、结转成本 借：主营业务成本
贷：库存商品
5、计提税金及附加 借：主营业务税金及附加
贷：应交税费（城建税、印花税）
其他应交款（教育费附加/等 ）
5、结转损益 借：本年利润
贷：主营业务成本
营业费用
主营业务税金及附加
管理费用
借：主营业务收入
贷：本年利润