截至2005年12月31日，花垣县辖8个镇、10个乡。 花垣镇 花垣镇辖城南、柑子园、老正街、西长街、大竹山、浮桥、登高楼、涧水坡8个社区居委会；狮子桥、望城、洞溪坪、南门、农科站、丰和、新生屯、卡地、大冲、龙洞、卧龙榜、依溪、清水塘、大云盘、凉水井、拐带坡、马其洛、朝料、佳民、花桥、麻场、伍家坡、三角岩、坝塘、蔬菜、园艺场、渔场27个村委会。 边城镇 边城镇辖小桥、河码头2个居委会；隘门口、水井湾、贵炭、板栗树、曲乐、骑马坡、小寨、石牛溪、米粮、白岩、火焰土、长老坟、茶元坪、南太、募老15个村委会。 龙潭镇 龙潭镇辖龙潭、马黄塘2个居委会；土地、豆旺、龙门、窝坨、干塘、开支铺、角弄、李梅、古老、龙潭、大坪、草坪、金溶、板塘、黄腊、张匹马16个村委会。 民乐镇 民乐镇辖云盘、中街2个居委会；民乐、田家、水田、响水、卡子、谷哨、洞乍、上潮水、下潮水、毛号、新水、坝务12个村委会。 团结镇 团结镇辖新路、老街2个居委会；长新、漏那、永丰、半坡、云盘、吉场、水田、中寨、太平、漾水坪、阿碧、老鸦塘、龙保、岩坝塘、杨家寨、下瓦水、马道子、老王寨、桐木寨19个村委会。 吉卫镇 吉卫镇辖梅花井、卫城2个居委会；排座、排达坝、腊乙、下水、新寨、老卫城、吉卫、鸡司、大老排、夯来、如腊、各藤、良帽、过水、螺蛳董、古牛、葫芦、白果、水洋、白岩坪20个村委会。 麻栗场镇 麻栗场镇辖麻栗场镇居委会；黄土坡、溜豆、沙坪坝、广车、排达鲁、麻栗场、沙科、老寨、立新、彭湖、登高坪、望高坡、各鱼、新桥、尖岩、新科、金牛、沿坝18个村委会。 雅酉镇 雅酉镇辖麻家、夯杜、坡脚、下水、五斗、扪岱、高务、冬尾、朝岗、排腊、达扣、油麻12个村委会。 长乐乡 长乐乡辖谷坡、桃花、惹坝、那光、卧岔那、鸭八溪、长潭、团岩、米迫、泽落坪、跃马卡、打落坪、纳吾车、黄连沟、王善坪、水坪、老后坪、雀儿庄18个村委会。 两河乡 两河乡辖路桥、斗拱、两河、石花 、土屯、水田、桐木、毛岗、麻拉、马岩、盐井、牛星12个村委会。 排碧乡 排碧乡辖岩罗、黄岩、排碧、四新、板栗寨、毛坪、小洞冲、红英、马鞍、飞虫、竹子、张刀、上半坡、下半坡14个村委会。 董马库乡 董马库乡辖丙池、补定、卧龙坪、排当务、董马库、夯寨、排达连、梅腊、黄土坪、排腊、让乍、板栗、鸡坡岭、卧大召、雷公、洞冲16个村委会。 猫儿乡 猫儿乡辖团结、果河、果儿、塘家、新寨、老虎冲、蜂塘、洞里、太阳山、杉木、田湾、铅厂、排腊光、排儿、豆子15个村委会。 补抽乡 补抽乡辖大卡、小卡、夯尚、排当、大本、董哨、大哨、补抽、吉九、米沟、排龙、水桶、大坳、鱼龙14个村委会。 道二乡 道二乡辖美惹、杠掰、接溪、道二、登高、者仁、排楼、朱朝、杠杠、紫霞、辽洞11个村委会。 排吾乡 排吾乡辖董马、牛皮、大排吾、小排吾、夯采、子腊、竹子寨、龙门、大猫、磨子、辽求11个村委会。 排料乡 排料乡辖芷耳、补毫、排料、龙孔、壤烈、桃花、金龙7个村委会。 雅桥乡 雅桥乡辖大兴、油麻、堡楼、田塘、朋岩、朋打、排乍、沙坪、瓦乐、干木、猫儿坡、岩科、三塘13个村委会。
2015年，根据花垣县乡镇区划调整方案，花垣县共减少6个乡镇建制，现辖花垣、边城、吉卫、龙潭、民乐、麻栗场、雅酉、双龙、石栏9个镇；长乐、猫儿、补抽3个乡，总面积1108.69平方千米，总人口30.9万人，县人民政府驻花垣镇名称不变。
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