海运费计算方式通常有按货物重量；按货物尺码或体积;按货物重量或尺码，选择其中收取运费较高者计算运费;按货物FOB价收取一定百分比作为费，称为从价运费;按每件为一单位计收;由船货双方临时议定价格收取运费，称为议价。
引航费、拖轮费加收的比例降为45%。鼓励港口经营人在不超过按拖轮马力、作业时间确定的收费标准范围内，根据接受拖轮服务的船舶吨位、船长、进出港次数等情况综合计收拖轮费。归并后的航行国内、国际航线船舶停泊费收费标准分别调整为每日每净吨0.08元、0.25元。
改进船舶使费计费办法：
航行国际航线船舶引航费起码计费吨由500净吨提高到2000净吨，40001-80000净吨部分、超过80000净吨部分收费标准（引航距离在10海里以内）分别降低到每净吨0.45元、0.425元。节假日、夜间对航行国际航线船舶进行引航和拖轮作业的。