刚刚看到你的问题，认真研究了一下，看出你们是出口方从上海港出口一批货物。
问题一：如果佣金和货款收在同一个账户，佣金可以直接加在合同单价上，如USD18.00/unit FOB Shanghai （例如佣金率5%）可以在合同上写明USD18.90/unit FOB Shanghai。出口时在发票上同样作价即可。或者在合同上单价还是原来的，另外单独列出佣金一项，最后加在合同总金额里，出口发票也同样处理。如果不收在同一个账户里，就还写USD18.00/unit FOB Shanghai，出口发票上也同样显示，另外再出一张佣金发票给客人。
问题二：你们垫付运保费在合同中另外列出来不会对出口核销造成影响。
问题三：需要明确出口退税是国家退给你工厂供货货款中所含的17%增值税中的13%，与你给客人的出口货价无关。从财务方面讲，如果你让工厂把你们应得的利润也开出来，工厂就要照票收款。至于以后工厂怎么返还给你方，那是你们两家的事情，与出口手续无关。不过让工厂方知道了你们应得的利润好吗？恐怕再合作就会麻烦无穷吧！
问题四：出口报关的原则是：出口全部按FOB价值统计，进口全部按CIF价值统计。做报关单时，先全部列上，然后再填写出口金额时再减除运保费。出口发票可以在货款外单独列出代收运保费若干，最后加在发票总金额中，以便与合同金额相一致。
问题五：
出口后外汇核销，附上发票、收汇水单，多出部分注明是运保费、佣金。只要佣金部分少于总货款的5%就没有大问题。