根据运费性质计入对应科目
企业收到运输发票时，具体分录为：
借：销售费用（根据运费性质计入对应科目）
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：银行存款
如果发票是可以进行抵扣的，分录为：
借：原材料等
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：银行存款
如果是不能抵扣的，分录为：
借：原材料等
贷：银行存款
《国家税务总局关于在全国开展营业税改征增值税试点有关征收管理问题的公告》（国家税务总局公告2013年第39号）规定，对货物运输业增值税一般纳税人，使用货物运输业增值税专用发票和普通发票。对提供货物运输服务的小规模纳税人，如受票方为增值税一般纳税人且索取专用发票的，如提供了相关证明材料，可向主管国税机关申请代开货物运输业增值税专用发票。对未办理或不需要办理税务登记的单位和个人，临时提供货物运输服务取得收入需要发票结算的，可向主管国税机关申请代开普通发票。专用发票使用税控器具领用、发售和开具。
企业购进货物或者其他业务要支付运费时，应该取得对应的运费发票入账，如果企业运费已经支付，尚未收到对方开具的发票时，可以先将支付的款项计入预付账款中进行核算，待实际收到运费发票时在计入运费项目。如果汇算清缴前还未取得发票的，不能税前扣除。