马尼拉只有一个港口，名为马尼拉港。
马尼拉港有南港、北港及国际集装箱3个港区，主要码头泊位有26个，马尼拉国际集装箱码头是马尼拉港的主要码头。马尼拉港位于菲律宾吕宋岛西南沿海巴石河口两岸，濒临马尼拉湾的东侧，是菲律宾最大的海港。它是菲律宾的首都和全国政治、经济、文化和交通中心。马尼拉港是菲律宾的国门，但是其地理位置在全球东西向主干航线或者南北向主干航线上并不享有显赫的地位。因此，马尼拉作为一座国际集装箱枢纽港的潜力非常有限。
菲律宾-马尼拉北港(manila,north)。
马尼拉北港（海港代码：MNN），在马尼拉通多占地 53 公顷（130 英亩），由国际集装箱码头服务公司的子公司马尼拉北港港口公司运营。它有7个码头（用偶数编号：2、4、6、8、10、12和14）。北港是通过径向路10。
在北港客运码头，于2013年开业，可容纳2-3万人次，整个群岛的岛际渡轮航行到城市。是菲律宾最大的岛际轮渡公司2GO轮渡公司的主要枢纽。
马尼拉湾的入口宽 19 公里（12 英里），并扩展到 48 公里（30 英里）的宽度。位于巴丹省的马里韦莱斯是北入口内的一个锚地，桑利角是甲美地海军基地的旧址。海湾的两侧是火山峰，顶部是热带植物。北边 40 公里（25 英里）是巴丹半岛，南边是甲美地省。
历史
马尼拉湾的贸易至少可以追溯到 9 至 12 世纪，当时马尼拉与包括中国和日本在内的邻国进行贸易，并通过现在的马来西亚和印度尼西亚地区与印度建立联系。在菲律宾的西班牙殖民时代，马尼拉与中国和其他东亚国家、墨西哥、阿拉伯国家以及从 16 世纪至 19 世纪中叶开放港口时直接与西班牙进行贸易。
这是通过另一个西班牙领土墨西哥将菲律宾与西班牙连接起来的大帆船贸易。从大帆船贸易的末期，通过美国殖民时代的菲律宾和菲律宾独立，直到今天，马尼拉港一直是菲律宾国内和国际贸易的主要港口。
该港口是海上丝绸之路的一部分，从中国沿海向南经新加坡到达印度南端，到达蒙巴萨，然后通过苏伊士运河到达地中海，连接中欧和东欧。