不可以。村委会是群众性自治组织，不具有开运费发票的权利。不可以代开运费发票。村民委员会，为中国大陆地区乡（镇）所辖的行政村的村民选举产生的群众性自治组织，村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织。
法律主观：
在符合增值税 一般纳税人 条件且被认定为一般纳税人的情形下， 个体工商户 可以开 增值税专票 。《增值税暂行条例实施细则》第五条第一款、第三款规定，一项销售行为如果既涉及货物又涉及非增值税应税劳务，为混合销售行为。除本细则第六条的规定外，从事货物的生产、批发或者零售的企业、企业性单位和个体工商户的混合销售行为，视为销售货物，应当 缴纳增值税 ；其他单位和个人的混合销售行为，视为销售非增值税应税劳务，不缴纳增值税。本条第一款所称从事货物的生产、批发或者零售的企业、企业性单位和个体工商户，包括以从事货物的生产、批发或者零售为主，并兼营非增值税应税劳务的单位和个体工商户在内。
法律客观：《增值税暂行条例实施细则》第五条第一款、第三款一项销售行为如果既涉及货物又涉及非增值税应税劳务，为混合销售行为。除本细则第六条的规定外，从事货物的生产、批发或者零售的企业、企业性单位和个体工商户的混合销售行为，视为销售货物，应当缴纳增值税；其他单位和个人的混合销售行为，视为销售非增值税应税劳务，不缴纳增值税。本条第一款所称从事货物的生产、批发或者零售的企业、企业性单位和个体工商户，包括以从事货物的生产、批发或者零售为主，并兼营非增值税应税劳务的单位和个体工商户在内。