分两种情况看是否违法。
在托运人或收货人不支付运费或货物的保管费用情形下，承运人对于货物享有留置权，因此扣货要运费不违法，但如果承运人、收货人及托运人对于不支付货物保管费用或运费及其它费用的处理方法另有约定的，扣货要运费就是违法的，涉嫌侵占他人财物，将依法承担相应的责任。
法律依据《民法典》第八百三十条货物运输到达后，承运人知道收货人的，应当及时通知收货人，收货人应当及时提货。收货人逾期提货的，应当向承运人支付保管费等费用。
全部扣除。
都是用在应税项目，不需要按照领用比例扣除，是全部能扣除。
材料运费属于原材料科目，原材料科目包括购买价款、相关税费、装卸费、运输费、保险费以及其他可归属于存货采购成本的费用。其他可归属于存货采购成本的费用，如在存货采购过程中发生的仓储费、包装费、运输途中的合理损耗、入库前的挑选整理费用等。