位于华盛顿特区的EPA总部现有管理机构：
行政和人力资源管理办公室（Office of Administration and Resources）
空气和辐射办公室（Office of Air and Radiation）
环境执法办公室（Office of Enforcement and Compliance Assurance）
环境信息办公室（Office of Environmental Information）
环境司法办公室（Office of Environmental Justice）
财务主管办公室（Office of the Chief Financial Officer）
科学政策办公室（Office of General Counsel）
环境巡查办公室（Office of Inspector General）
国际事务办公室（Office of International Affairs）
污染、杀虫剂和有毒物质办公室（Office of Prevention, Pesticides, and Toxic Substances）
研究和发展办公室（Office of Research and Development）
固体废弃物和应急反应办公室（Office of Solid Waste and Emergency Response）
水办公室（Office of Water）
EPA现有10个区域分局，各分局管辖范围如下：
第一分局：负责康涅狄格州、缅因州、马萨诸塞州、新罕布什尔、罗得岛和佛蒙特州，办公室设在波士顿。
第二分局：负责新泽西州、纽约州、波多黎各和美属维尔京群岛，办公室设在纽约。
第三分局：负责特拉华州、马里兰州、宾夕法尼亚州、弗吉尼亚州、西弗吉尼亚州和哥伦比亚特区，办公室设在费城。
第四分局：负责亚拉巴马州、佛罗里达州、佐治亚州、肯塔基州、密西西比州、北卡罗莱纳州、南卡罗莱纳州和田纳西州，办公室设在亚特兰大。
第五分局：负责伊利诺伊州、印第安纳州、密西根州、明尼苏达州、俄亥俄州和威斯康星州，办公室设在芝加哥。
第六分局：负责阿肯色州、路易斯安那州、新墨西哥州、俄克拉荷马州和得克萨斯州，办公室设在达拉斯。
第七分局：负责艾奥瓦州、堪萨斯州、密苏里州和内布拉斯加州，办公室设在堪萨斯城。
第八分局：负责科罗拉多州、蒙大拿州、北达科他州、南达科他州、犹他州和怀俄明州，办公室设在丹佛。
第九分局：负责亚利桑那州、加利福尼亚州、夏威夷以及内华达和萨摩亚，办公室设在旧金山。
第十分局：负责阿拉斯加州、爱达荷州、俄勒冈州和华盛顿州。办公室设在西雅图。
虽然美国环保局的机构遍布各州，但是每个州都设有自己的环境管理机构，不隶属于联邦环保局，但是接受美国环保局区域办公室的监督检查。除非联邦法律有明文规定，州环保局才与联邦环保局合作。各个州的环境管理机构向州政府负责，依照州的法律独立履行职责，管理机构人员由各个州自行决定，负责人、预算与联邦的机制相似，由州长提名、州议会审核批准生效。各个州的环境管理机构在执行环境政策过程中出现的冲突，由地方法院裁决。
ZIP编号的首码所代表的州：
0：康乃狄克州(CT），马萨诸塞州(MA），缅因州(ME），新罕布什尔州(NH），新泽西州(NJ），波多黎各(PR），罗德岛州(RI），佛蒙特州(VT)，美属维尔京群岛（Ⅵ），驻欧洲军事邮政局(AE），驻欧洲海军邮政局(AE)。
1：特拉华州(DE），纽约州(NY），宾夕法尼亚州（PA)。
2：华盛顿哥伦比亚特区(DC），马里兰州(MD），北卡罗莱那州(NC），南卡罗来纳州(SC)，弗吉尼亚州(VA），西维吉尼亚州(WV)。
3：伊利诺州(IL），堪萨斯州(KS），密苏里州(MO），内布拉斯加州(NE)。
4：阿肯色州(AR），路易斯安那州(LA），俄克拉何马州(OK），德克萨斯州(TX)。
5：亚利桑那州(AZ），科罗拉多州(CO），爱达荷州(ID），新墨西哥州(NM），内华达州(NV），犹他州(UT），怀俄明州(WY)。
6：阿拉斯加州(AK），美属撒摩亚(AS），加利福尼亚州(CA），关岛(GU),夏威夷州(HI），北马里亚纳群岛(MP），俄勒冈州(OR），华盛顿州(WA），军事邮政局（太平洋）(AP），海军邮政局（太平洋）(AP)。
7：亚拉巴马州(AL），佛罗里达州(FL），乔治亚州(GA），密西西比州(MS），田纳西州，（TN），军事邮政局（美国）(AA），海军邮政局（美国）(AA)。
8：印第安纳州(IN），肯塔基州(KY），密歇根州(MI），俄亥俄州(OH)。
9：爱荷华州(IA），明尼苏达州(MN），蒙大拿州(MT），北达科他州(ND），南达科他州(SD），威斯康辛州(WI)。