1、辅导期的一般纳税人进项税额，应该填在增值税申报表附表二待抵扣一栏的24、25行，出口退税的进项税额也是在此填写（包括正式一般纳税人出口货物进项税额）。辅导期的一般纳税人进项税额内销部分等待稽核比对结果回来后可以放到到附表二的第3行抵扣，而出口部分进项税不能列入第3行，等税务部门退税时直接从帐上划转，但是这样回造成账目与申报表不相符。这是现阶段税务部门的填表要求，主要是为了区分出口货物和内销货物进项税额，以便在出口货物发生外销退回转为内销时，界定应转入内销时抵扣的进项税。
2、申报表附表二24、25行填写后，会在下期跳到23行，就是你所说的“本期认证单未取得稽核相符结果而未申报抵扣”这栏，这是正常的。但是不要填写“按照税法规定不允许抵扣”这栏，因为如果填写了，会造成多缴税款。税务部门这样要求自然造成你的申报表和账目是不平的，他们只是要求你在帐上做处理，不要求你在申报表上做处理，这就是税务征收所、出口退税科的工作脱节所制。
在做凭证的时候：
借：库存商品
100
应交税金-进项税待抵扣
17
贷：银行存款
117
在购进货物时，应直接记入“应交税金-应交增值税（进项税）”，以前在清理三角债时，有一条税法规定：未付款不得抵扣进项税。那时是先将进项税放入待抵扣科目，不过已经早就取消了这项规定，所以在帐上早就没有了“待抵扣进项税”这个科目。由于现在申报填写的要求，在申报表上起用了这个栏目（附表二待抵扣栏）。最初只适用于辅导期一般纳税人抵扣进项税的填写，现在延伸到所有一般纳税人出口货物的进项税都在此填列。
确认收入和结转库存成本凭证略
借：其他应收款
13
贷：应交税金-应交增值税（出口退税）
13
（增值税是多栏式日记账，在贷方设有出口退税，在出口退税科确认应退税额时，作此相应分录）
借：主营业务成本
4
贷：应交税金-应交增值税（进项税转出）
4
后面的两个分录只能在帐上反映，在申报表上反映不出来，应交税金帐目余额和申报表的期末留抵数是不相符的，这就是让你困惑的原因。上面说过了，不填写“按照税法规定不允许抵扣”这栏，因为这行是会在申报表主表的第14行反映的，你所有出口货物的进项税都没在申报表主表的第12行进项税额一栏反映出来，何谈转出呢？如果填写会造成多缴税款。
3、在申报表上填写出口收入时，工业企业填写在申报表主表的第7行免、抵、退办法出口货物销售额，外贸企业填写在第8行免税货物销售额（税务部门要求）。我个人认为不论工业、商业的出口收入都应该填写在第7行，因为工业企业享受的是“免、抵、退”税的办法，外贸企业享受的“先征后退”即“免、退”税的办法，都是出口收入只是享受政策不一样，在填写申报表时填写在第7行，很容易区分工业和商业，没有任何问题。但是外贸企业填写在主表第8行就不一样了，因为第8行反映的是“免税货物销售额”，这里所指的是享受政策免税的货物和劳务，是政策减免而不是出口减免，免税货物销售额在申报时是需要征前审核的，出口销售额只需要出口后到出口退税部门备案即可。
我是北京的，在增值税纳税申报上，基本要求都是一样的，有可能在征前审核和备案制度上是有出入的。