1993年10月，花县农业委员会更名花都市农业委员会（简称“市农委”），主管花都市的农业和农村工作，以及协调农口线单位的工作，内设人秘、生产、经营管理、财务4个科及会计辅导站。1996年11月，花都市机构调整，调整后市农委内设工委办公室、行政科、生产综合科、经营管理科（与农村承包合同管理办公室、农村承包合同仲裁委员会合署）。2000年7月，花都市农业委员会更名花都区农业委员会，内设机构不变。
90年代，花都市深化农村体制改革，逐步完善家庭联产承包责任制和健全农村社区合作经济组织。按照“缩粮、扩花、稳菜、提渔、改牧、调果”的方针，合理调整农业结构。在抓好粮食生产的基础上，蔬菜和花卉生产得到很大发展。农村经济稳步发展，农民收入逐渐增加，花都成为广东的重要农业生产基地。
1993年，花都市农业总产值12.71亿元（产值按当年价、增长比例按1990年不变价计算，下同），农村经济总收入38.88亿元，农民人均收入2209元。在农业总产值中，种植业产值所占比重最大，占49.33%。农业产值占工农业总产值的16.79%，农业商品率75.3%。1994年，全市建立农业、蔬菜、水果、农村、林业5个市级技术研究所和四级农技推广网络，9个镇均设立农技站，123个行政村委设农技推广服务站，183个村各配备1名农民技术员，全市建立农技示范户2597个，全面开展农业科技试验、示范和推广工作，实施了农民继续教育“绿色证书”工程及建设种子种苗工程。18个村、社定为推广农村股份制试点。“八五”期间，花都市实现“五个五万亩”（荔枝、龙眼、柑橙、蔬菜、塘鱼）的农业发展规划，进一步调整农业结构，因地制宜地发展“三高”（优质、高产、高效）农业，逐步形成优质水稻、水果、蔬菜、水产、畜牧五大产业。至1995年，农产品的优良品种率有很大提高，优质水稻品种覆盖率达90%，优质水果、优质蔬菜品种覆盖率均为50%，优质水产品种覆盖率60%。农村多种经营收入占第一产业收入的59.66%，打破了农业长期以粮食生产为主的传统格局。全市涌现了一大批一专多能种养结合的专业户，建立了一批“三高”农业基地，适度规模经营大户有6363户，7万平方米以上连片种植基地有50多个，其中70万平方米以上的基地4个，700万平方米的基地1个。培训财会人员1055名，487名农技人员取得农技师、农技员等职称。
1996年，花都市政府主持编制《花都市农业现代化总体规划》。全年投入发展“三高”农业资金7.8亿元，建立无公害蔬菜基地36个，面积1500万平方米，其中70万平方米以上4个。新建花卉基地2个，面积70万平方米。全市种植花卉面积达340万平方米，初步改变过去“花都无花”的状况。新增种养专业大户23户，外资办“三高”农业企业13家。“三高”农业产值占农业总产值95%。1997年，花卉、蔬菜生产迅速发展，花都市在新华镇三东村开展农业现代化试点，投入634万元，完成28个工厂化蔬菜生产大棚建设和40万平方米水稻区农田标准化建设。全市引进久保田收割机7台，开创了花都水稻收割全过程实现机械化的历史。农业结构历经几年调整后，粮食与多种经济作物的种植面积比例为1∶1.2，粮食、蔬菜、花卉、水果、塘鱼、禽畜生产协调发展。全市有效灌溉面积占耕地总面积95%，森林覆盖率38.50%，绿化率93.75%。60个村303个经济社完成农村股份合作制工作。1998年，农业结构进一步优化，基地化、专业化的“三高”农业企业规模迅速扩大，逐步成为推动农业产业化经营的“龙头”。是年，“三高”农业基地总产值占全市农业总产值40%以上，出口农副产品总值达5011万元，农业机械化程度为60%，按现代化水利设施标准完成水利工程308宗，造林706.67万平方米，花都成为广东省十大农业现代化示范区之一。1999年，全市190个行政村（含7个作业区）共建立184个经济联合社、1273个经济社，178个村、411个经济社实行村务公开，民主管理实现制度化、规范化。大力推进农业产业化，兴办龙头企业，实行企业带基地、基地联农户的模式。是年，全市150多个产值超100万元的农业产业经营公司形成“公司+农户”形式的产业化经营格局，初步实现小家庭与大市场接轨。2000年，重点抓好花卉生产交易中心和无公害蔬菜生产基地两个农业示范区的农业现代化建设。加快推进花卉市场、农产品保鲜基地、蔬菜示范场建设，大力促进农业龙头企业发展。至2000年末，全区有龙头企业36家，外资农业企业298家，生产基地69个（其中连片种植面积在66.67万平方米以上的15个），年产值超亿元的生产基地10个，“三高”农业专业户788个（拥有土地面积1.09亿平方米），农业总产值27.5亿元，农村经济总收入341.15亿元，农民人均纯收入6140元，分别比1993年增长1.16倍、3.95倍、1.78倍；农业产值占工农业总产值8.12%，比1993年下降8.67个百分点；种植、林、牧、渔各业产值比例为52.85∶2.38∶27.3∶17.4；农业商品率83.5%，比1993年增长8.2个百分点。
撤县设市后，花都市农业存在如下新问题：一是耕地减少。由于非农建设占用土地与人口的迅速增长，2000年与1992年相比，全市耕地面积减少5313.33万平方米，下降24.1%，平均每个农业人口占有耕地从5870平方米降至423平方米。二是农业生产基本条件出现新问题。表现在部分水利设施多年失修，农用生产资料价格偏高，土壤地力有所下降，务农人员老龄化等。三是各镇经济发展不平衡，北部山区比南部平原农村经济发展相对迟缓。 1993年，花都市有工业企业500多家，总产值59.33亿元（按1990年不变价计算），占全市工农业总产值89.4%。撤县设市后，花都的工业企业所有制结构发生了很大变化，乡镇工业、“三资”工业和个体私营工业产值在工业总产值中所占的比重逐渐增大。
1993～2000年，花都的工业大体可分为两个发展阶段。1993～1996年是高投入和高速发展阶段。这期间，一批骨干企业如云豹汽车厂、40万吨转窑水泥厂、花都陶瓷厂等建成投产，花都基本形成建材、机械电子、轻工纺织、医药化工、食品五大工业行业，在工业发展中发挥支柱作用。1994～1996年，工业总产值平均每年递增31.61%，独立核算工业销售收入平均每年递增37．44%，大宗的工业产品有水泥、石灰石、服装、布、皮鞋、塑料制品、化学农药、饮料等，1995年增加汽车和摩托车。花都市的高新科技产品、拳头产品和名牌产品不多，工业经济效益偏低，亏损企业数量和亏损额逐年增加。1996年，全市独立核算工业企业362家，亏损企业175家，占48.3%，亏损额34302万元，比1995年的亏损额12320万元增长178.43%。村镇企业和“三资”企业迅速发展，市三级工业产值结构比重发生了很大变化。市属工业产值比重逐年下降，村镇工业比重逐步上升。1996年，村镇工业产值与市属工业产值比例为75.26∶24.16。
1996～2000年，是全面推进国有企业改革和非公有制企业迅速发展阶段。1994年7月市政府成立企业转制领导机构后，围绕落实中共十四届三中全会通过的《关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》精神，按照“产权明晰、权责明确、政企分开、管理科学”的要求，对公有制企业实行了全面改革。全市进行了建立现代企业制度的试点和对企业实施战略性改组，加快公有制企业的改制，推进国有资产管理体制、社会保险、要素市场的建设，使企业逐步成为市场竞争的主体。1996年，企业转制工作全面铺开并取得重大突破，成立了市公有资产管理委员会，下设立办公室（简称市公资办），组建政企分开的9大控股经营（集团）公司（1997年发展为11个），其中原属市经委的市属工业企业改归兴都工业控股公司管辖。1997年，市属工业企业除供销、粮食系统的外，均归11个控股经营（集团）公司管理。至2000年底，区属174家应转制企业中实现转制企业164家，转制率94%，其中转股份合作制企业87家，租赁16家，抵押承包29家，关闭15家，其他17家。实行股份制企业占已转制企业的53%。村镇集体企业改革工作全面铺开，803家应转制企业基本完成转制工作。2000年末，花都市各类工业企业总数6443家，其中规模以上（年销售500万元以上）工业企业716家。全年工业总产值（现行价，不含广州市属企业）311.15亿元，占工农业总产值91.9%。工业总产值超亿元的企业25家。花都工业形成以建材、机械制造、电子电器、轻纺制衣、皮革皮具、食品、塑料化工为主的行业结构，主要工业产品有94种。其中，风神汽车、狮岭皮革、粤花水泥、花都陶瓷、乐高食品、飞达音响等“拳头产品”畅销全国。2000年，花都工业产品销售率为95.4%。花都市工业经济发展呈现4个特点，一是规模以上企业大幅度增加；二是行业门类比较齐全；三是劳动密集型企业占主要地位；四是新兴行业发展加快，比重增大。2000年比1993年，工业总产值（按可比价计算）增长3.48倍，市属工业和镇村工业产值分别增长2.57倍和4.44倍。1993年工业总产值中，轻重工业的比例74.95∶25.05，1995年后随着汽车工业的迅速发展，轻重工业的比例也发生较大变化。2000年，轻重工业产值构成为66.18∶33.82。
撤县设市以后，花都市委、市政府鼓励、扶持非公有制经济发展，重点扶持合资、合作、独资企业和民营、私营企业。1996年以后，非公有制工业发展迅速，企业数量和工业产值有较大幅度增长。至1999年，非公有制企业有5854家，占全市企业总数91%；非公有制工业产值2235478万元，占全市工业总产值79.7%。
2014年上半年，我区经济总体保持平稳较快增长。上半年完成地区生产总值428．78亿元，同比增长10．6%；规模以上工业总产值961．34亿元，同比增长12．7%；公共财政预算收入33．54亿元，同比增长14．3%；社会消费品零售额191．73亿元，同比增长14．6%；固定资产投资100．67亿元，同比增长5．6%；外贸出口总额20．58亿美元，同比增长34．96%；实际利用外资1．36亿美元，同比增长14．97%。通过审议，区人大常委会认为，上半年区政府积极应对困难，转型升级成效明显，产业结构进一步优化。并建议下一步要建立重大项目建设信息系统平台，加强对设计、施工、监理等环节的监管。同时，通过科学决策研究，培育新的支柱产业，扶持高科技实体经济，形成新的产业增长点。