是这样的：
1.先看原先贵公司与外商签订的出口合同中是否有相关的价格调整或者是违约罚款之类的条款。也就是说，如果做出调整的60000美元是依据合同约定而出现的扣款，那么核销时，就请携带出口合同，并书面指出该60000美元调价是遵照合同约定而做出的，附带上按照扣款后的商业发票、银行水单、核销单、报关单等文件到外管局办理差额核销即可。
2.从扣款金额占贵公司原先合同总金额的比例上来看，应该不是依据合同而做出的合理调价。那么这次调价就应该认定为罚款性质的，对此可以修改合同，并出具双方沟通的确认函，第三方检验报告。
3.对于退税，那是完成外汇核销以后的事情，等核销完了，按照核销金额和新合同作退税。
这个具体执行的话还要看您跟外贸公司之前的约定。如果没有约定的话，原则上是由于您的原因延迟交货，您需要负责。个人有几点建议：
老外要求打折5%，最好让外贸公司给您有力的证据。
交货期延迟多久？您做的是快消品吗？我们做机械出口，很多情况下交货延迟是我们没法控制的，我们都会想尽办法跟客户解释，很多时候是可以取得客户谅解的。老外要求打折的情况我们没有遇到过。如果老外已经付全款的话，他再要求打折一般贸易公司也不会给他退钱的，不好操作。
您的意思我明白了，实际两批货前后是有相关性的，交货期距离很近，前一批货延迟挤占了后一批交货期的时间。这样看来错不在你们。你们是来料加工，归根结底延期是由贸易公司造成的，这样对待你们确实不公平。如果延期你们有责任的话，我觉得你们最多只能承担加工费在他们这6万多里边所占的比例。如果你们没有责任的话，这个损失你们完全不需要承担。借此机会你们最好完善一下合同条款。出问题不要紧，只要责任与义务规定的很清楚，那就不用回避，按照合同来处理就好了。
外贸中出现交货延期是比较正常的，因为环节实在太多，各种细节错中复杂。贸易公司的工作也不轻松。您这边也尽量协调，让贸易公司跟国外客户好好协商，把应该承担的损失降到最低。能感觉到您还不希望跟贸易公司彻底闹掰。归根结底关键在于“利益”二字。您从长远考虑一下，相信会有一个妥善处理的结果。祝好运！