对出口企业申报的出口退（免）税有下列情形之一的，应按照《国家税务总局关于发布<出口货物税收函调管理办法>的公告》（国家税务总局2010年第11号）提出函调要求，向出口货物供货企业所在地的税务机关发函调查。
(1)出口业务涉及国家税务总局预警信息，包括国家税务总局预警出口企业、国家税务总局预警供货企业、国家税务总局预警出口商品等。
(2)税务系统内部提供涉嫌骗取出口退税线索的。
(3)税务系统以外部门提供涉嫌骗取出口退税线索的。
(4)出口企业及供货企业均属关注企业，且出口关注商品的。
(5)关注企业首次出口关注商品的。
(6)出口企业首次从关注企业购进关注商品出口的。
(7)有下列情形，且出口企业盖有公章的书面理由不充分的：
A出口货物换汇成本高于合理上限的。
B出口关注商品，且关注商品出口数量月度增幅超过20%或出口单价与上次申报相比超过10%。
C出口关注商品，且关注商品进货单价与上次申报相比超过10%。
D跨境贸易人民币结算业务经分析异常的。
所以说您所属主管税务机关要向你们的供货方的税务所发函进行函调，是主管税务机关发函，请遵照主管税务机关的要求办理即可。
函调，说得通俗点，就是办理退税的税务局向开具增票的税务局发函调查业务真实性的做法。
出口退税函调严重吗
法律主观：
出口退税申报撤销怎么申请进入外贸企业出口退税申报系统→向导→申报系统操作向导→退税申报向导→八已申报数据确认→已申报出口明细申报数据查询→点击“认可申报”→选择“。将当前关联号转为待申报”或者“将当前筛选的所有关联号转为待申报”，就可以撤销申报标志。注意事项：4个时限出口企业在办理出口退税时要特别注意申报程序，注意时间观念，以免造成损失。出口企业在办理出口退税时，应注意四个时限规定：一是“30天”。外贸企业购进出口货物后，应及时向供货企业索取增值税专用发票或普通发票，属于防伪税税控增值税发票，必须在开票之日起30天内办理认证手续。二是“90天”。外贸企业必须在货物报关出口之日起90天内办理出口退税申报手续，生产企业必须在货物报关出口之日起三个月后免抵退税申报期内办理免抵税申报手续。三是“180天”。出口企业必须在货物报关出口之日起180天内，向所在地主管退税部门提供出口收汇核销单(远期收汇除外)。四是“3个月”。出口企业出口货物纸质退税凭证丢失或内容填写有误，按有关规定可以补办或更改的，出口企业可在申报期限内向退税部门提出延期办理出口货物退(免)税申报的申请，经批准后，可延期3个月申报。税收专用缴款书和完税分割单（一）是否加盖缴款单位公章或财务章，是否有缴款单位征税部门的征税专用章，是否有银行（国库）签章；（二）法定税率和征收率填开是否正确；（三）缴款书上注明的发票号是否与所对应地增值税专用发票（抵扣联）的号码相符；（四）产品的名称、数量、金额、计量单位是否与增值税专用发票相符；（五）税收（出口货物）专用缴款书中的纳税人识别号和海关代码与增值税专用发票和出口货物报关单注明的是否一致；（六）一张（出口货物专用）缴款书在销售发票号码栏，最多只能填五张增值税专用发票号码；（七）按照电子化管理要求专用缴款书最多只能填开三栏；（八）凡缴款书上所列项目有错误的，不得在原缴款书上更改，应由开具缴款书所在的税务机关出具更正证明；（九）分割单中的金额填开是否正确；（十）其他总局、省局规定的要求。增值税专用发票（抵扣联）（一）是否加盖发票专用章；（二）电脑版的增值税专用发票，是否经过防伪税控的认证（无密码区除外）；（三）销货单位名称是否与缴款书中的供货单位一致；（四）从骗税多发地区（广东汕尾市：陆丰、陆河、海丰；广东汕头市：潮阳、澄海、南澳；广东揭阳市：揭东、揭西、普宁；广东潮州市：潮安、饶平）厂家购进货物，是否单独申报函调；（五）2003年7月1日之后开具的增值税专用发票手写版，除小规模纳税人由税务机关代开外，一律不予认可；（六）其他总局、省局规定的要求。出口货物外销发票（一）是否有出口企业的法人代表签字或盖章；（二）发票上开具的货物是否与报关单一致；（三）其他应按外贸财务规定执行的内容。重点审核内容（一）是否加盖财务章或出口企业单位公章；（二）申报销售明细账上注明的外币金额是否与出口发票和核销单、报关单的外币金额一致；（三）其他应按外贸财务规定及税法规定执行的内容。出口收汇核销单（一）是否盖有外汇管理部门的“国家外汇管理局湖北省分局已核销”章；（二）是否与报关单上注明的核销单号一致。报关单（一）报关单中注明的生产厂家或发货单位是否与缴款书中的供货单位一致；（二）是否加盖海关验讫章；（三）报关单中注明的货物名称和数量是否与缴款书或分割单及专用发票三者是否一致；（四）其他应符合出口货物报关管理要求的内容。同上七（一）关联号填报是否正确；（二）数据填报是否按要求准确填报，是否与所附原始凭证一致；（三）“汇总申报表”印鉴、签字是否齐全；（四）“汇总表、明细表”中数据是否与申报软盘电子数据一致；（五）其他应符合出口退税电子化管理要求的内容。
视情节来看，只要根据相关规定证实退税合法就可以。
法律依据
对出口企业申报的出口退(免)税有下列情形之一的，应按照《国家税务总局关于发布的公告》(国家税务总局2010年第11号)提出函调要求，向出口货物供货企业所在地的税务机关发函调查.
(1)出口业务涉及国家税务总局预警信息，包括国家税务总局预警出口企业、国家税务总局预警供货企业、国家税务总局预警出口商品等.
(2)税务系统内部提供涉嫌骗取出口退税线索的.
(3)税务系统以外部门提供涉嫌骗取出口退税线索的.
(4)出口企业及供货企业均属关注企业，且出口关注商品的.
(5)关注企业首次出口关注商品的.
(6)出口企业首次从关注企业购进关注商品出口的.
(7)有下列情形，且出口企业盖有公章的书面理由不充分的:
A出口货物换汇成本高于合理上限的.
B出口关注商品，且关注商品出口数量月度增幅超过20%或出口单价与上次申报相比超过10%.
C出口关注商品，且关注商品进货单价与上次申报相比超过10%.
D跨境贸易人民币结算业务经分析异常的.
出口退税函调后怎么操作?
出口退税函调是指税局在收到你的退税申请后，发函至开出增值税发票单位所在的税局进行调查，以证实该笔出口退税的合法性.
一般出口退税函调包括调查出具发票的单位和申请退税的单位.函调后应做好以下工作:
1)务必和发票出具单位调协好数据.包括出口日期，装货日期，出仓日期，申报日期，货物的数量，重量，体积等.
2)填写好出口企业出口退税自查表
3)准备好所有与该批货关有关的凭证，包括付款银行水单，运费支付凭证，运输代理合同，外商合同，采购合同以及税局要求的所有资料.
4)资料备齐后，交税局，等待税局查验合格后方可退税.