法律分析：
进出口许可证申请流程：外经委办理《对外贸经营者备案登记表》，海关办理《进出口收发货人登记书》，出入境检验检疫局办理《自备检验单位登记备案》，外汇管理局办理的《进出口企业名录卡》，办理海关电子口岸登记。
法律依据：
《中华人民共和国行政许可法》
第十二条 下列事项可以设定行政许可：(一)直接涉及国家安全、公共安全、经济宏观调控、生态环境保护以及直接关系人身健康、生命财产安全等特定活动，需要按照法定条件予以批准的事项;(二)有限自然资源开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项;(三)提供公众服务并且直接关系公共利益的职业、行业，需要确定具备特殊信誉、特殊条件或者特殊技能等资格、资质的事项;(四)直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施、产品、物品，需要按照技术标准、技术规范，通过检验、检测、检疫等方式进行审定的事项;(五)企业或者其他组织的设立等，需要确定主体资格的事项;(六)法律、行政法规规定可以设定行政许可的其他事项。
第二十九条 公民、法人或者其他组织从事特定活动，依法需要取得行政许可的，应当向行政机关提出申请。申请书需要采用格式文本的，行政机关应当向申请人提供行政许可申请书格式文本。申请书格式文本中不得包含与申请行政许可事项没有直接关系的内容。申请人可以委托代理人提出行政许可申请。但是，依法应当由申请人到行政机关办公场所提出行政许可申请的除外。行政许可申请可以通过信函、电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件等方式提出。
第七十一条 违反本法第十七条规定设定的行政许可，有关机关应当责令设定该行政许可的机关改正，或者依法予以撤销。
公司要做出口,需要办理手续如下：
第一环节：商务局（厅）去商务局（厅）办理对外贸易经营者备案登记表，简称备案登记表，这是第一个环节，以下的各个环节都需要备案登记表的原件或复印件。
第一次办理的具体办法：
一、登录商务部主页网上政务-政务大厅-外贸司-对外贸易经营者登记系统-备案登记-在网上申报材料。
二、向当地商务主管部门提交以下材料（一式两份，每页加盖公章）。
1、按要求填写的《备案登记表》（如是变更，则下载空白登记表在电脑上填写）；
2、营业执照复印件；
3、组织机构代码证复印件；
4、法定代表人身份证复印件；
5、对外贸易经营者为外商投资企业的，还应提交外商投资企业批准证书复印件；
6、依法办理工商登记的个体工商户（独自经营者），须提交合法公证机构出具的财产公证证明；依法办理工商登记的外国（地区）流通企业，须提交经合法公证机构出具的资金信用证明文件。
7、如是变更，还需要提供源进出口资格证书（或备案登记表）。
8、如是变更，还需要提供变更报告。
备齐以上资料之后，向当地商务主管部门提交。目前只有部分城市的商务局有备案的权利，其他城市的企业经过当地商务主管部门盖章后，还需要向省（区）商务厅提交材料。一般商务厅会在收到材料后两个工作日内打印出正本的《对外贸易经营者备案登记表》。这个过程一般是不需要花钱的。
第二环节：海关
向海关申办《进出口货物收发货人报关注册登记证书》。简称《注册登记证书》。需要提交的材料（所有复印件加盖公章）：
1、营业执照副本原件及复印件；
2、《对外贸易经营者备案登记表》原件及复印件；
3、企业章程原件及复印件；
4、税务局《税务登记证》副本原件及复印件，包括国税地税；
5、《银行开户许可证》原件及复印件；
6、《组织机构代码证》副本原件及复印件；
7、《报关单位情况登记表》、《报关单位管理人员情况登记表》，这两个表向海关要空白表格填写即可。
8、身份证：包括企业法人，企业负责人，经办人，财务负责人的。
需要注意的是，在此环节，除了身份证，所有证照都需要提交原件去核验的。海关会在三个工作日内制好证书，通知企业去领。有了证书，就可以去购买电子口岸了。具体的手续有点忘记了，想起来再加进来。另外有了证书，就可以刻报关专用章了。刻章的手续就不说了。按照海关的指示去办吧。如果企业没有报关员，需要委托别人报关，这个时候就可以到报关公司去买《代理报关委托书》，价格是50元一本，一本大概有33份这样。
如果企业情况发生了更改，就需要向海关提出变更申请。需要提供的材料有：
1、申请变更报告；
2、《注册登记证书》原件及复印件。
3、变更后的营业执照原件及复印件。
4、重新填制的《报关单位情况登记表》、《报关单位管理人员情况登记表》。
5、身份证：包括企业法人，企业负责人，经办人，财务负责人的。
如果变更造成海关注册编码改变，还需要将原《注册登记证书》注销，重新注册。
有以下情形之一的，可以申请注销：
1、破产、解散、自行放弃报关权或者分立成两个以上新企业的；
2、被工商行政管理机关注销登记或者吊销营业执照的；
3、丧失独立承担责任能力的；
4、报关企业丧失注册登记许可的；
5、进出口货物收发货人的对外贸易经营者备案登记表或者外商投资企业批准证书失效的；
6、其他依法应当注销注册登记的情形。
注销手续：
1、提交注销书面报告，注明注销原因。
2、海关《注册登记证书》原件。
第三个环节：外汇管理局
有了备案登记表，有了海关注册登记证书，就可以去外汇管理局申请备案了。申请备案是申领核销单的前提。
备案所需资料（所有复印件加盖公章）：
1、备案申请书和委托书，这两个是自己写的；
2、营业执照副本原件和复印件；
3、组织机构代码证正本原件和复印件；
4、海关《注册登记证书》原件和复印件；
5、商务部门《备案登记表》原件和复印件
；6、核销员证明和身份证复印件。
需要注意的是，在此环节，除了身份证，所有证照都需要提交原件去核验的。同时，向外汇局申请开设外币帐户，一般只需要备案登记表，营业执照复印件，组织机构代码证，申请书即可。申请之后，就可以到银行开设外币帐户了。备案成功之后，要申请核销单，现在电子口岸中申请，然后带上操作员卡，到外汇管理局领纸质核销单就可以了。
第四个环节：商检局，这一环节是与第三个环节并列的，有了备案登记表和海关注册登记书，就可以去办理了。具体办理的办法是，先在网上填表申请。然后将填好的表格打印出来，带上以下的资料：
1、营业执照副本原件和复印件；
2、组织机构代码证正本原件和复印件；
3、海关《注册登记证书》原件和复印件；
4、商务部门《备案登记表》原件和复印件；现在的商检证书是立等可取的，也不需要收费。