具体分析如下：（相对）
如果直接找一家能将运输和报关一起做的货代公司
优势：中间环节少，操作方便。
劣势：价格可能会较高，舱位、装运等事宜只能靠代理协调，货主在船公司前无话语权。
分别找运输公司和报关行
优势：货主在客户提货前全面掌控货物情况，价格可能会低。
劣势：中间环节多，容易造成运输公司和货代相互推卸责任。货主需要随时跟进货物运输报关进展情况。
建议：如果你货量大，在运输公司能拿到比货代还要低的价格，建议选择分别找运输公司和报关行。
如果你货量少，在运输公司拿不到比货代低的价格，就没必要分开找了。
关于出口报关，结汇的几个问题，高分！
刚刚看到你的问题，认真研究了一下，看出你们是出口方从上海港出口一批货物。
问题一：如果佣金和货款收在同一个账户，佣金可以直接加在合同单价上，如USD18.00/unit FOB Shanghai （例如佣金率5%）可以在合同上写明USD18.90/unit FOB Shanghai。出口时在发票上同样作价即可。或者在合同上单价还是原来的，另外单独列出佣金一项，最后加在合同总金额里，出口发票也同样处理。如果不收在同一个账户里，就还写USD18.00/unit FOB Shanghai，出口发票上也同样显示，另外再出一张佣金发票给客人。
问题二：你们垫付运保费在合同中另外列出来不会对出口核销造成影响。
问题三：需要明确出口退税是国家退给你工厂供货货款中所含的17%增值税中的13%，与你给客人的出口货价无关。从财务方面讲，如果你让工厂把你们应得的利润也开出来，工厂就要照票收款。至于以后工厂怎么返还给你方，那是你们两家的事情，与出口手续无关。不过让工厂方知道了你们应得的利润好吗？恐怕再合作就会麻烦无穷吧！
问题四：出口报关的原则是：出口全部按FOB价值统计，进口全部按CIF价值统计。做报关单时，先全部列上，然后再填写出口金额时再减除运保费。出口发票可以在货款外单独列出代收运保费若干，最后加在发票总金额中，以便与合同金额相一致。
问题五：
出口后外汇核销，附上发票、收汇水单，多出部分注明是运保费、佣金。只要佣金部分少于总货款的5%就没有大问题。
1：国外客户和谁结账？和谁订的合同？当然是你们把货收回来自己出口自己报关。别的厂子只是代加工，你们给对方结算加工费就可以。
2：是谁报关谁退税。要退税还要到人民银行外管局申领出口收汇核销单（先上电子口岸申请核销单，带条码章也就是中英文章，IC卡去外汇局领核销单，领回来后再上电子口岸备案）。
出口收汇结汇以后必须在210天内到国税核销。没这个也不行。你不出口不报关，你没有创汇记录，海关没有向中国人民银行返回贵司数据，银行，国税怎么给你退税？
3：交货，报关，订船期我不是很清楚，都是找的货代。货代会办好一切。
4：出口收汇网上申报系统就是电子口岸,完整名称是"出口收结汇联网核查系统"去海关问吧。企业领卡人持单位介绍信,本人身份证明到所在地的数据分中心或制卡代理点，缴纳IC卡、读卡器、Oracle Lite软件的成本费用后，领取上述软硬件设备。同时，可免费获得中国电子口岸系统安装盘1张。
你申领成功后，海关会根据贵厂上一年度出口额度给予一定比例的收汇额度。如果以前没有的也会给予一定收汇额度让你可以结汇。当你发现电子口岸里的收汇额度不够你本次可结汇额度（合同里有金额吧）且你以后有连续的出口预期时（因为额度是要还的，就靠你以后的出口收汇还了），你可以进入国家外汇管理网站，做一个预收货款合同（时间早点久一点，在货没出时就做上去，比如搞个一年期的）。金额搞高一点（其实以后可以改的）。然后在收到银行结汇通知书时做一个预收货款提款登记（金额根据结汇通知书填），（3万美元以内）第2天就有额度给你了。注意：预收货款里有很多问题的，你多看相关知识。
举例：
我在今年9月1日有一笔28000的外汇进账，但是经查外汇收汇额度只有25000了。于是我在8月27日做了个预收货款合同。填的是某号合同，合同金额10万美元，合同日期2013年8月23---2014年7月1日(该合同只要存在以后，比如3天后或1个月后啊都可以改，并且一个合同下可以做很多个预收货款申请，总金额不超过合同金额就可以。反正合同金额是可以改的哦）。然后在9月1日接到收汇通知书时（银行会打你电话或网上查到）我做了一个预收货款提款登记，在申请页面填上国家代码，地区代码，银行代码，收汇号，时间填水单上的日期，预收金额填水单上的金额28000，合同号填你在国家外汇管理网站上的那个合同，预计货物出口日期根据你能还上的日期填（比如填12月1日）。记住：12月1日（或你填的日期）以后15天内必须还上额度（就是注销）。这个2万8的额度你可以一次还清，也可以分几次还清，（根据你每票出口收汇的钱数自己把握)；甚至你可以在这次的收汇里还1万，下次的收汇里还5000，只要在你的预计货物出口时间内还清就可以。比如12月1日以后的15天内注销。
另外：贵厂关于进出口的各种证都齐了吧？出口备案登记表，中华人民共和国进出口货物收发货人注册登记证书。
另外：客户要的货出口是不是要商检的？一定要搞清楚哦。晚了麻烦或有损失。因为又是一大段，所以不另行解释，可以自己学习。
另外：没有开通网上收结汇的，需要到基本户开户银行国际贸易部填表填单结汇。带公章带财务章，带电子口岸卡（我记的好像是农行不用带卡的）
在电子口岸的出口收汇项下提交收汇核销单，在出口退税项下提交报关单。
最后：你可以查一下我在百度的回答（早期的，2010年的），从接单开始到运输全有介绍。