机要件邮寄管理不是属于国家邮政总局管理的．由各地机要局管理．
其管理规定是由当地政府制定的，机要件邮寄不属于通过邮局的经营行为，法律上无规定．对于你的问题，认为不合理可以由学校单位组织出面向当地政府反映解决．购买所谓国家统一规定使用的档案袋来邮寄，这条一般应该是符合要求的．但还要到特定厂家购买，感觉有问题．
你们当地政府．你们需要和哪个机要局打交道．就到该机要局所在地的市政府啊．说实话这已经不属于个法律能解决的问题．看你们学校的行政级别和在当地的分量了．．呵呵
编号业务种类计费单位资费标准本埠（县）资费外埠资费1信函首重100克内，每重20克
（不足20克按20克计算）0.801.20续重101-2000克每重100克
（不足100克按100克计算）1.202.002明信片每件0.83印刷品首重100克
（不足100克按100克计算）0.400.70续重101-5000克每重100克
（不足100克按100克计算）0.200.405001克至28000克以每5000克为一计费单位实行累加计费4邮简每件0.801.205回音卡每件0.806挂号费每件3.007回执每件3.008盲人读物按水陆路平常邮件寄递免费9包裹每500克为一个计费单位按照寄递里程分区核订，具体标准详见现行《国内包裹资例表》每件挂号费3.0010保价费每保一元
（不足一元按一元计算）0.01每件最低保价费1.0011存局候领手续费每件函件1.00包裹3.0012撤回邮件或更改收件人名址手续费每件3.0013机要邮件文件类首重100克内，每重20克（不足 20克按20克计算） 0.600.80续重101克－2000克，每重100克（不足100克按100克计算） 1.202.00刊物类首重100克（不足100克按100克计算） 0.400.70续重101克－限重，每重100克（不足100克按100克计算） 0.200.40挂号费每件3.00机要保密费每件3.00