保税区内的加工企业是可以办理委外加工的。加工期限为6个月，特殊情况可延期6个月。但外贸型的就没有办法在区内用手册办理了。
部分保税区内企业应该可以以自身的名义在区外代理加工贸易的，但加工厂必须到海关办理注册登记手续，然后办签一个代理或委托的协议即可。这得询问当地保税区海关，你是否具备这个资格或当地海关是否允许这种做法。
找区外的公司代理也是可以的，但前提还是需要对加工企业进行注册登记。可以将进口货物从保税区走。签的合同应该是你作为外商的合同，如果仅收取工缴费，那还是来料加工合同比较对路。
转口贸易操作流程：
1、从中国任一港口（天津，青岛，上海，宁波，深圳，广州港等）开始承运货物，把货物安全发到第三国中转港，负责在转口港进口清关。
2、货从大陆准备离港时，根据需要，安排二程船期，做BOOKING，等头程（中国-中转港）船到港后，及时提柜，在码头换柜。换柜时候会拍摄换柜照片，以确保货物的完整性，安全性。
3、完成换柜后上二程（中转港-目的港）船，3-5个工作日左右时间内拿到提单，凭提单去做产地证。在这之前，会和中国SHRP做单证文件等较对。
4、所有文件（提单，FORMA/CO，INV，箱单，K2等等）正本出来后，会及时将全套正本文件寄给贵司或直接寄到目的港，目的港清关用的是第三国的全套文件。?
扩展资料
转口贸易对中转国来说即是转口贸易。贸易的货品能够由出口国运往第三国，在第三国不通过加工再销往消费国；也能够不通过第三国而直接由生产国运往消费国，但生产国与消费国之间并不发生贸易联系，而是由中转国分别同生产国和消费国发生贸易。
转口贸易的形式多样，根据货物流通渠道的不同，可分为再出口贸易和单据处理贸易方式两种：
1、再出口贸易
再出口又称复出口。凡外国商品进口后未经加工又输到外国，都属于再出口。在欧洲和拉丁美洲一些国家，凡外国商品运进本国海关仓库，未经加工，又从海关仓库运往国外的，均列为再出口。
在英国和美国，除上述情况外，还包括外国商品已经进入本国市场，只要未经加工，又运往国外的，即“本国化了的商品”，也列为再出口。至于外国进口商品加工后又运往国外，或用外国进口原料制成另一种产品再运往国外，以及“暂时贸易”再运往国外的，都不列作再出口。
2、单据处理贸易
是指出口商通过中间商与进口商发生买卖关系，而后将货物直接从出口国运往进口国的贸易方式。在这种情况下，货物并未在第三国通关进出口，而中间商亦仅涉及交易单据的处理。这种单据处理贸易方式实际上是货物所有权的再出口。
人们由于经验、通讯设备等的缺少，转口贸易就通过两交货物的进出口来完成。随着转口贸易的发展，单据处理贸易的方式逐渐发展起来，这种方式可以避免货物在第三国通关进出口的繁杂手续，节省运费、保险费和手续费等费用，减少风险，还可缩短交货时间。
参考资料：
中国农业新闻网：转口贸易操作流程图