档案要用机要方式邮寄和流程：
档案管理单位将你的档案送到当地邮局的机要班，办理登记手续。
机要班将你的档案通过机要交通(按照中组部的规定，干部档案必须通过机要交通邮寄，不得本人携带或通过普通方式邮寄)邮寄到本省省会城市，由省邮政局机要班登记。
省邮政局机要班通过机要交通将你的档案寄到目的省份的省会城市，当地省邮政局机要班加以登记，然后通过机要交通送达档案接收单位。
机要文件邮寄会涉及到多个部门，所以要比普通的快递要慢得多，甚至比利平信还要慢，从深圳调到广州可能就需要一个月左右，如果跨省可能会更久，慢的两个月都有可能，每个机要文件都有机要号码，可以根据机要号让档案接收单位帮查询。
机要文件是指标有“机密”密级的文件、简报、讲话材料，各种资料、报表、刊物，以文字、符号、图形、声、像等形式含有国家重要秘-密、泄露会使国家的安全和利益遭受严重的损害的载体。
国家秘-密的密级分为“绝密”、“机密”、“秘密”三级。“绝密”是最重要的国家秘密，泄密会使国家的安全和利益遭受特别严重的损害；“机密”是重要的国家秘密，泄露会使国家的安全和利益遭受严重的损害；“秘密”是一般的国家秘密，泄露会使国家的安全和利益遭受损害。
机要邮寄会比较慢，但是原则人事档案上最好用机要邮寄，因为档案一旦丢失是没有办法补的。机要邮寄相比较比较而言更安全。负责寄出的人会得到一个档案号，您可以打11185电话查询。
法律依据
《中华人民共和国档案法》(2020修订)
第二条 从事档案收集、整理、保护、利用及其监督管理活动，适用本法。
本法所称档案，是指过去和现在的机关、团体、企业事业单位和其他组织以及个人从事经济、政治、文化、社会、生态文明、军事、外事、科技等方面活动直接形成的对国家和社会具有保存价值的各种文字、图表、声像等不同形式的历史记录。
第三条 坚持中国***对档案工作的领导。各级人民政府应当加强档案工作，把档案事业纳入国民经济和社会发展规划，将档案事业发展经费列入政府预算，确保档案事业发展与国民经济和社会发展水平相适应。
机要邮寄和EMS的区别
机要件邮寄管理不是属于国家邮政总局管理的．由各地机要局管理．
其管理规定是由当地政府制定的，机要件邮寄不属于通过邮局的经营行为，法律上无规定．对于你的问题，认为不合理可以由学校单位组织出面向当地政府反映解决．购买所谓国家统一规定使用的档案袋来邮寄，这条一般应该是符合要求的．但还要到特定厂家购买，感觉有问题．
你们当地政府．你们需要和哪个机要局打交道．就到该机要局所在地的市政府啊．说实话这已经不属于个法律能解决的问题．看你们学校的行政级别和在当地的分量了．．呵呵
机要邮寄和EMS的主要区别在于邮寄方式不同、邮寄单位不同和收件范围不同：
1、邮寄方式不同
机要邮寄是一种比较特殊的邮件种类，它与其它普通邮件有不同的分拣、投递以及接收等邮寄方式，在邮局里有专门的途径来保障邮寄线路的安全；而EMS邮寄方式和普通快递是一样的。
2、邮寄单位不同
EMS是ExpressMailService的简称，它指的是邮政的特快专递服务，服务于所有人，在中国境内是由中国邮政提供的快递服务；而机要邮寄指的是由党、政、军以及企等保密部门通过机要通信或派专人送取的邮件传递形式。
3、收件范围不同
机要邮寄主要收取国家机密文件、重要资料的传递和档案等；而EMS除了明确禁止的物品以外，大部分东西都可以收取邮寄，比如衣服、水果、纸质文件和酒水饮料等。