运输公司的会计做账方法如下：
1、运输业会计核算运输收入时：
借：银行存款；贷：主营业务收入——：运输收入；应交税费：应交增值税（销项税额）
2、结转运输成本时：
借：主营业务成本；贷：应付职工薪酬；银行存款（租车费或油费等支出）。
运输会计：
是指以货币为计量单位对交通运输企业的经济活动及其成果进行核算与分析，作出预测，实行监督的一种专业会计。按会计所特有的方法，即通过设置账户、复式记账、填制和审核凭证、财产清査、计算成本、编制决算等手段。
正确地反映、严密地监督、全面地分析运输企业的资金运作，借以加强计划管理和经济核算，贯彻节约原则，提高经济效益，保护财产，并为经济预测和经济决策提供数据。
运输业会计核算运输收入，然后结转运输成本，应当通过“主营业务收入”相关二级科目以及“主营业务成本”等科目核算。主营业务收入是指企业从事本行业生产经营活动所取得的营业收入。主营业务成本是指企业销售商品、提供劳务等经营性活动所发生的成本。