晕
你们那是关联方销售，意义不大的。
当然决定权在你们母公司本身。
既然子公司将运输计入产品销售价格，那么母公司将之作为存货成本是没有错误的，因为这样，母公司还可以多抵扣一些增值税进项税额，对于整个集团来说是合适的。只是后来如果对于关联方销售需要调整合并会计报表那也与你的问题无关。
对于你们生产部的要求，哈哈，那是管理上的事（可能存在内部控制），但是通常生产部门无权决定运费是否作为销售费用还是产品成本。根据你所说的情况我判断这可能与考核及评价业绩有关，但这是管理报表上的事情，与财务报表无关（或者有关而在财务报表之外再编制一份管理报表）。业绩评价可以使用非财务报表或者对财务报表进行与管理考试相关的调整之后进行，比如在进行考核时，将上述运费从产品成本中扣除，以扣除后的成本作为对你们生产部考核的基数。
另外，请你们公司慎重地对待关联方交易与增值税问题。