以下增值税电子发票可以作为抵扣进项的抵扣凭证：
1、旅客运输服务
政策依据：《财政部、税务总局、海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部、税务总局、海关总署公告2019年第39号）第六条
2、通行费
政策依据：《财政部、税务总局关于租入固定资产进项税额抵扣等增值税政策的通知》（财税〔2017〕90号）第七条
3、自产自销农产品（免税）
政策依据：《财政部、税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）第二条
法律主观：
可以抵扣进项税的电子发票包括：增值税专用发票、机动车销售统一发票、农产品销售或收购发票、收费公路通行费增值税电子普通发票、海关进口增值税专用交缴款书。
法律客观：《营业税改征增值税试点实施办法》第二十六条 纳税人取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国家税务总局有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。 增值税扣税凭证，是指增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票、农产品销售发票和完税凭证。 纳税人凭完税凭证抵扣进项税额的，应当具备书面合同、付款证明和境外单位的对账单或者发票。资料不全的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。