1941年出任美国太平洋舰队司令，并晋升海军上将。期间就太平洋舰队的战舰一再被大西洋舰队及其他任务借调，导致珍珠港防务空虚一事反复申诉，甚至向罗斯福总统当面提出报告，但未受重视。同年12月7日日本突袭珍珠港时，一无防范，太平洋舰队几乎全军覆没，被指责为玩忽职守，10天后即被解职。翌年3月以少将军衔继肖特后退役。在前后8次有关珍珠港事件的公私调查中，一再申辩无辜，并进而指责罗斯福和马歇尔出于某种需要将他变成替罪羊。对珍珠港事件负有责任的美国太平洋陆军司令沃尔特·肖特中将和太平洋舰队总司令赫斯本德·金梅尔海军上将于12月17日被解除职务。
性格刻板刚正，被与之有所接触的军官视为军人楷模。就任太平洋舰队司令期间提拔了多名年轻军官，后来这些人几乎都成了独当一面的舰长。但性情暴躁易怒，很难与他人沟通，甚至有过和陆军总参谋长马歇尔拍桌子的经历。