1. 税政管理科
一、负责地方税费政策的上传下达、宣传辅导及解释工作，并按照上级政策规定，认真组织贯彻实施；
二、负责组织企业所得税汇算清缴工作组织与实施；
三、负责营业税普查及其它各项税费的专项调查、分析，掌握税源动态；
四、负责受理减免税、弥补亏损、财产损失、管理费提取、汇总缴纳、工效挂钩等涉税事项的审核、报批；
五、协助开展税收业务培训工作；
六、协助搞好税收宣传工作；
2. 征收管理与法规科
一、负责组织贯彻执行国家有关税收征管的法律、法规；
二、负责办税服务中心的各项管理工作；
三、负责征收、管理部门的协调、考核工作；
四、负责税务登记和发票管理工作；
五、负责延期申报、延期缴纳税款的审核及欠税的管理工作；
六、负责定期定额户税收定额的审核工作；
七、负责停业、复业、注销等其它涉税事项的审核工作；
八、负责对未按期申报、未按期办理税务登记纳税人的违章处理工作；
九、负责税务行政复议、诉讼及赔偿工作；
十、负责组织税务听证工作；
十一、负责税收执法情况的检查工作；
3. 规费征收管理科
一、负责养老保险费、医疗保险费、工伤保险费、失业保险费和生育保险费等社会保险费征收政策法规的上传下达、辅导及解释工作，并依据上级政策规定具体组织实施；
二、负责社会保险费征管有关问题的检查和调研，掌握费源动态，对重点费源进行监控；
三、负责社会保险费延期缴纳审批管理工作；
四、配合劳动保障部门编制全区社会保险费的收入计划，并负责监督检查计划执行情况；
五、配合有关部门做好相关政策、法规的宣传培训工作；
六、负责协调社保费征收工作中与其他部门的关系；
4. 计划财务科
一、负责地方税费计划的编制、分配和收入计划执行情况的分析工作；
二、负责经济税源调查研究和分析预测，掌握税源变动情况；
三、负责经费收支的核算、管理工作；
四、负责税收票证的管理、检查工作；
五、负责税票销号、对账、税收会计核算及税收收入统计工作；
5. 办公室
一、负责起草本局综合性文件、审核局机关发文和文件的收发、运转及机要文件的保管、传阅、清退及文书档案管理工作；
二、负责区局综合性会议的组织和会务工作；
三、负责上级布置的工作事项及区局办公会议确定的主要工作的催办、督办；
四、负责税收宣传、信息、调研工作，编发本局信息刊物；
五、负责区局车辆调配使用、驾驶员管理、干部职工制服发放、办公用品购置供应、安全保卫、环境卫生等行政事务工作；
六、负责区局固定资产的购置、调配、统计等管理工作；
七、负责区局办公用房的基建和维修；
八、负责受理人大代表、政协委员提案及群众来信来访；
九、负责外来人员的接待工作；
6. 信息技术科
一、负责厦门市地方税务局税收信息化系统的推广和应用。
二、负责收集、整理区局各科室、分局反映的税收信息化系统应用问题，并及时解答或转报信息技术分局解决。
三、负责区局全体干部职工的计算机知识和应用系统操作培训。
四、负责区局所有计算机设备的维护以及计算机病毒的防护。
7.人事教育科
一、负责组织机构设置、人员编制的具体落实工作；
二、按照干部管理权限和国家公务员暂行条例规定，负责干部职工的交流、考察、任免、转正定级、辞职、辞退和奖惩工作；
三、负责组织岗位责任制的考核及干部年度考核工作，办理有关人事方面的来信来访工作；
四、负责劳动工资的管理工作；
五、负责离退休干部管理工作；
六、负责人事档案管理工作；
七、负责考勤管理工作；
八、负责临时人员管理工作；
九、协调做好干部职工岗位培训、学历教育等工作；
十、协调做好思想政治工作，及时掌握干部职工思想动态；
十一、协调开展文明创建活动，抓好各项措施的落实；
8. 监察室(效能办)
一、监督检查税务机关及其工作人员贯彻执行国家税收法律、法规、政策和规章制度的情况;
二、受理对税务机关及其工作人员违法违纪行为的检举、控告以及税务机关及其工作人员不服政纪处分的申诉;
三、调查处理税务机关及其工作人员违法违纪的行为;
四、负责廉政制度建设、实施与监督;
五、协调开展行风建设工作。
六、负责办理上级交办的其它事项。
七、负责制定区局效能建设工作方案、措施，并组织实施；
八、负责收集、报送有关效能建设工作开展情况的信息；
九、负责组织开展效能建设内部检查、督导和考核工作；
十、负责受理对税务机关及其工作人员在效能建设工作中存在的违诺、违规和违纪行为的投诉和举报，并按规定组织调查处理工作；
十一、负责向市地税局效办报送效能建设工作调研、总结及有关材料；
十二、负责机关效能建设绩效考评的组织与实施；
厦门自贸区税务局地址象屿路93号厦门国际航运中心C栋二层。国家税务总局厦门市税务局，中国(福建)自由贸易试验区厦门片区政务服务中心象屿路93号厦门国际航运中心C栋二层。中国(福建)自由贸易试验区厦门片区政务服务中心象屿路93号厦门国际航运中心C栋二层。