在满足了乐团所需费用并为乐团制定了经营方针后，希金森聘请乔治·亨舍尔为它的第一任指挥，并召集了68名乐师作为最早的团员，其中的大部分都是德国血统。乐团成立后的第一个演出季计划包括20场在星期六晚间举行的正式音乐会和20场在此前的星期五下午举行的公开排练，尽管公开排练的做法不久后便被废止。1881年10月22日，波士顿交响乐团的第一场公开音乐会如期举行，自然也引起了公众的极大热情。在第一个演出季中，观众人数达到了83359人，甚至到每场音乐会结束时还是满座。第二个演出季更有较大的发展，观众达到了111770人。
建立初期，波士顿交响乐团在这座城市的音乐厅举办演出活动，这座始建于1852年的场所在1900年10月19日被新落成的交响乐大厅所取代。由麦克吉姆设计的交响乐大厅在筹建过程中取得了音响工程师萨宾的协助，这是美国同类建筑中首次有音响专业人士参与的工程。从此，这座能够容纳2645人的大厅成了波士顿交响乐团永久的固定场所。 乐团的首任指挥亨舍尔在位3年后离去，在他之后执掌波士顿交响乐团的也都是具有强烈德奥背景的指挥家，使这个尚处于成长期的乐团表现出明显的德奥倾向，其准确无误的演奏方式和严谨慎密的音乐风格构成了乐团最鲜明的特点。曾于1906年到1908年和1912年到1918年两度任首席指挥的卡尔·穆克是一位对乐团的发展起到至关重要的作用的人物，他将乐团提高到世界水平。在穆克的领导下，波士顿交响乐团成为第一支录制唱片的美国乐团，在1917年10月为胜利唱片公司录制了3张选辑，曲目包括柴科夫斯基的第四交响曲的终曲乐章、第一组曲中的军队进行曲以及瓦格纳的《罗恩格林》第三幕前奏曲等。一位激动不已的评论家这样写道：“这简直是无与伦比……前无古人，后无来者。”
然而穆克的指挥之职在第一次世界大战开始后悲惨地结束。他在柏林期间曾是威廉二世的朋友，战争爆发后他流露出的亲德倾向和他曾在一场音乐会的开场时拒绝演奏《星条旗》等众所周知的事实，使他被当作德国间谍而在波士顿的家中被捕入狱，尽管希金森对他给予了大力的支持，然而他却一直未能获得自由，直到战争结束后才得以重返欧洲。几乎与此同时，乐团中的一些优秀的德国乐师也遭到解职的命运，这给乐团造成了一片混乱的局面。在这种状况下，84岁高龄的希金森感到无力独立支撑局面，而将乐团的经营权完全交给了理事会，自己抽身退休。
自从皮埃尔·蒙特于1919年就任首席指挥之后，越来越多的现代作品出现在波士顿交响乐团的音乐会上，其中有斯特拉文斯基的《春之祭》这样颇具争议的乐曲。蒙特就职的第一年后，乐团内曾经发生了工会运动，有大约三分之一的乐团成员拒绝参加一次音乐会，以表达他们增加工资的要求，从而与理事会的强硬态度造成冲突。这次工会运动的结果是96名演奏员中有30人提出辞职，使乐团面临解体的严重危机。在这种情况下，蒙特顺势改组了乐团的结构，重新招聘人员，大量年轻的美国乐师进入乐团，使之呈现出一派欣欣向荣的景象。波士顿交响乐团迟至1942年才全体加入音乐家工会，是美国主要乐团中最后的一个。
尽管蒙特于1924年离开乐团令人深感惋惜，但是随后入主乐团的谢尔盖·库谢维茨基在他长达25年的任期内真正使乐团发生了根本的变化，成为那个时期全世界范围内最令人瞩目的乐团。库谢维茨基时代是以一连串异乎寻常的委约作品为标志的：巴托克、贝雷佐夫斯基、布里斯、布里顿、格雷查尼诺夫、伊贝尔、马里皮埃罗、米约、拉威尔、车列普宁、维拉-洛博斯和沃尔顿等等一系列在20世纪音乐创作中占有极其显赫位置的作曲家纷纷为波士顿交响乐团写作。在成立50周年的演出季上，乐团演出了柯普兰、希尔、兴德米特、奥涅格、普罗科菲耶夫、雷斯皮基和鲁塞尔等人专门题献给乐团的作品以及斯特拉文斯基的《诗篇交响曲》。包括巴兰廷、巴伯、戴蒙德、弗斯、格里弗斯、格伦贝格、索尔比、斯坦内特和坦斯曼等人在内的许多美国作曲家都在很大程度上得益于波士顿交响乐团和它富于远见的指挥。从1926年开始的许多年里，星期六晚间的音乐会向公众做现场广播。 在库谢维茨基时代，波士顿交响乐团还开创了一项传统，即夏季的音乐活动。在音乐季之间的间隙，乐团都要在坦戈伍德举行为期6周的博克夏音乐节，专门演出轻松的管弦乐作品，在此期间，除各声部首席之外的所有演奏员以波士顿通俗乐团的名义演出古典乐曲中的通俗小品和音乐剧改编曲等脍炙人口的作品。从1930年开始，负责此项演出的指挥家是阿瑟·菲德勒。1940年，库谢维茨基创立了博克夏音乐中心，以实现乐团的创始人希金森组建培养音乐家的学校之理想。这所暑期音乐学校每年都聚集着来自世界各地的青年学生，由乐团的演奏家对他们进行面对面的授课。迄今为止，这所学校已经向全世界输送了大量优秀的演奏人才。1964年以后，每逢夏季，乐团的12个声部首席还组成室内乐团演奏室内乐作品。
1942年，与乐团有关的库谢维茨基基金会成立，这个基金会继续以委约创作或提供补助的方式来支持美国乃至世界各地的作曲家。法国作曲家梅西安完成于1948年的《图朗加利拉交响曲》就是受这个基金会的委托而作，并且于第二年的12月由伯恩斯坦指挥波士顿交响乐团做了世界首演。
在库谢维茨基以退休的方式结束了25年的任期的时候，法国人夏尔·蒙什接替了他的位置，出任新一届首席指挥。尽管从他的前任手中接过的是一个在当时最好的乐团，但是蒙什却是一个与库谢维茨基全然不同的人物。库谢维茨基在乐团面前具有不容忽视的权威，在排练中煞费苦心，对于演奏员甚至极端粗暴。相形之下，蒙什就显得宽厚、仁慈，甚至有些腼腆，他总是以自己作为一名小提琴演奏员时的经验来提醒自己，有些时候，他并不掩饰对于库谢维茨基的暴躁和排练中的苛刻的批评。与这位前任一样，他也对于法国乐派的作品极为擅长。从1951年起，蒙什恢复了乐团创始人希金森所开创的对公众开放排练的做法，后来发展为星期三晚上的公开排练和星期五下午和星期六晚间的正式音乐会。蒙什干1952年带领乐团第一次赴欧洲巡演，此行中还包括在前苏联举行的音乐会，这是来自美国的交响乐团首次出现在这个国家。
然而在蒙什时代，波士顿交响乐团虽然仍然是一个杰出的乐团，但却已经不再是最杰出的一个，它先前的位置被塞尔时期的克利夫兰管弦乐团取而代之。 1962年，埃里希·莱因斯多夫成为波士顿交响乐团的新任指挥，这也使他达到了个人职业生涯的顶点。在蒙什松弛和富于表情的方式指导下，这个乐团的风格较库谢维茨基时代已经发生了很大的改变，但是莱因斯多夫恢复了乐团往日准确和精致的合奏特点，并且拓展了表演曲目，许多被蒙什置之不理的德奥作品重新出现在音乐会上。然而与乐团方面的矛盾最终导致莱因斯多夫在任职7年后辞职离去。
在威兼·斯坦伯格的5年任期之后，小泽征尔于1973年入主波士顿交响乐团，这是亚裔音乐家得以执掌美国一流乐团的极少数例子之一，除他以外，另一个获此殊荣的是印度人梅塔。
小泽征尔使这个一直在法国和德国合奏模式之间摇摆不定的乐团增添了一层从未有过的晶莹透明的感觉，那种朝气蓬勃的流动感和明晰动人的音响是乐团的强大传统与小泽征尔个人气质最奇妙的结合。它的演奏充满高贵的气息，而悠久的历史、充足的财源和音响精美的演奏大厅、洋溢着牧歌情调的夏季表演场地，都构成了这个乐团最迷人的风景。
但是不可否认，在小泽征尔的任期达到20多年以后，波士顿交响乐团出现了一些令人担忧的现象。小泽征尔的曲目过多地局限在浪漫主义晚期的作品，而诠释上的粗糙和音乐内涵上肤浅都或多或少地影响了乐团的地位。