讷河市，以讷谟尔河得名。清初，分属齐齐哈尔、墨尔根副都统辖区，为布特哈总管所属游牧区。1691年（清康熙三十年），由布特哈总管管理该处八旗事宜。1894年（清光绪二十年），布特哈总管改设副都统，布特哈副都统衙门由江西伊倭齐移驻博尔多站（今讷河镇郊长青村）。1906年2月15日（清光绪三十二年正月二十二日），黑龙江将军衙门饬扎，裁撤布特哈副都统，以嫩江为界划分为东、西两路布特哈，布特哈东路总管管辖今讷河、克山、德都、克东4县，并于博尔多站东北1公里处建立街基筑城。由于讷谟尔河南北两段荒地均已丈放，经布特哈东路总管兼讷谟尔河垦务行局总理福龄的呈请，1907年12月14日（清光绪三十三年十一月初十日）批准，设立讷谟尔河荒段巡防局，并于翌年4月27日（农历三月二十七日）启用关防。1910年9月1日（清宣统二年七月二十八日），黑龙江巡抚奏准，于东布特哈总管辖境设置讷河直隶厅，隶属黑龙江行省。直隶厅同知钟毓在同年11月6日（农历十月初五日）于省城启用关防，11月17日（农历十月十六日）到任视事。与此同时，裁撤东布特哈总管和巡防局。中华民国成立后，1913年1月28日，按照“划一现行各县地方行政官厅组织令” ，将讷河厅改为讷河县。1914年8月，将讷河县划归龙江道管辖。1915年3月，将讷河县东部地区划出设置克山设治局。1929年2月，裁撤道区建制后，改由省直辖。东北沦陷后，初隶黑龙江省，1934年12月划归龙江省管辖。1945年“九三”抗日战争胜利后，隶属嫩江省管辖。 1949年5月，黑、嫩两省合并后，划归黑龙江省管辖。1954年8月设立嫩江专区后，归嫩江专区管辖。1960年5月至1961年10月，嫩江专区曾一度撤销时，划归齐齐哈尔市领导。1985年1 月1日，正式撤销嫩江地区，划归齐齐哈尔市领导。1992年9月2日，国务院批准，撤销讷河县，设立讷河市（县级），改由省直辖，省政府确定由齐齐哈尔市代管。
1992年，讷河市 位于小兴安岭西麓，松嫩平原北端，全境形若桑叶，南北长100余公里，东西宽 80余公里，总面积6674．3平方公里。北与嫩江县为邻，东与德都县、克山县接壤，南与依安县、富裕县毗连，西以嫩江与甘南县、内蒙古自治区莫力达瓦达斡尔族自治旗分界。全市共辖6镇、17乡。1992年末全市总人口68．9万人，其中非农业人口11．4万人；满、朝鲜、蒙古、回、达斡尔、鄂温克等少数民族人口2万余人。市政府驻地讷河镇。 （以上摘自《黑龙江省志·地名录》）
旧名博尔多。讷河一名来源于境内的讷木尔河。清初届布特哈旗，“布特哈”满语为“打牲”之意。原居住在黑龙江上游、精奇里江一带的达斡尔、鄂温克、鄂伦春等族，因俄国人侵略黑龙江流域，被迫渡江越岭，迁居至嫩江流域。
此地远在唐虞三代为肃慎地；周以后为秽貊地；汉代属秽地；后汉、三国属北扶余地；晋时为寇漫汗的属地；后魏北齐属豆莫娄；隋时属靺鞨黑水部，唐时属黑水部北栅地。唐开元十六年（728年）置黑水军内附于唐；辽属乌延突厥部；金时为生女真部，属蒲与路；元代此地为斡赤厅分地，归属合兰府水达达等路；明代奴儿干部司于此地置别儿真站；清康熙年间清政府将定居于这一带的达斡尔、鄂伦春、索伦诸部落编为布特哈旗，亦称“打牲部落”。布特哈衙门驻扎在嫩江两岸的伊倭齐屯（今莫力达瓦旗尼尔基镇）。光绪年间分为东西布特哈二旗。西布特哈副都统驻地仍在伊倭齐，东布特哈副都统驻地在讷河镇。光绪三十一年（1905年）撤销副都统，改为总管。宣统二年（1910年）改为伯河厅。民国二年（1913年）改为讷河县，隶属黑龙江龙江道。民国四年（1915年）将本县东部、南部划归新设的克山县．民国十八年（1929年）东北政务委员会成立，废道制，县归省直接管辖，讷河县直隶于黑龙江省，为二等县；伪满洲国．初期仍承旧制；康德元年（1934年）十二月一日伪满洲国改行帝制，实行地方行政机构改革，将东北划分为十四省，讷河划归新设的龙江省管辖。东北光复后，民国三十六年（1947年）六月五日公布东北新省区方案，改东北为九省，本县隶属于黑龙江省。
2000年，讷河市辖12个镇、11个乡。 根据第五次人口普查数据：全县总人口672295人，其中各乡镇人口（人）： 讷河镇 90480 拉哈镇 37218 二克浅镇 34582 学田镇 33605 龙河镇 29447 讷南镇 32611 六合镇 27396 长发镇 25815 通南镇 38633 同义镇 35320 九井镇 35002 老莱镇 50733 清和乡 14810 孔国乡 20070 进化乡 18434 友好乡 17341 巨和乡 16118 全胜乡 13525 团结乡 21652 和盛乡 25748 同心乡 17267 永丰乡 17422 兴旺鄂温克族乡 11734 老莱监狱虚拟镇 7332 xzqh
2003年，撤销清和乡，将其行政区域划归学田镇管辖，镇人民政府驻国兴村；撤销巨和乡，将其行政区域划归同心乡管辖，乡人民政府驻同心村（黑民区[2003]108号）。 讷河市辖12个镇、8个乡：讷河镇、拉哈镇、龙河镇、讷南镇、通南镇、老莱镇、二克浅镇、学田镇、太和镇、长发镇、同义镇、九井镇、清和乡、孔国乡、进化乡、友好乡、巨和乡、全胜乡、团结乡、和盛乡。