1、对于分次出口的发票，应制作发票分割单，在申报系统中的进货数据录入时，仅录入本次出口的数量和金额。分割单没有统一的格式，税务局会有具体的要求，但一般包含：发票基本信息（号码，代码，销货方信息，全部货物数量及金额、税额），本次出口货物信息（出口数量，金额，税额），剩余货物信息（数量，金额，税额），如果属于第二次及以后批次出口的，还应包含该发票上货物上几个批次的批次号。做完分割单之后，就可进行正常申报，注意进货数据录入时批次不要错了，另外，一般是将原票附在第一个批次申报材料中，以后申报时用分割单及发票复印件替代发票。2、不能保存应该是申报批次与出口日期发生冲突造成的。申报系统升级后，对于07年发生的出口业务，只能划入07年的批次，而不能作为08年的批次，你修改一下批次号，应该就能通过了。以上内容可能会因所在地不同而不同，因此，实际操作时可再向当地退税机关咨询。
外贸企业在收回出口业务的原始凭证后，首先将其出口信息录入申报系统进行出口退税的网上预审，即碰对海关报关和增值税发票信息。预审成功后，作出口退税的正式申报。注：正式申报必须在自海关报关单出口日期计算90天内进行。如无信息应将收齐的原始凭证送到办税大厅进行无信息备案。正式申报实行数据网上传输，待数据传输后，须将纸质出口凭证装订成册报送至办税大厅申报，并取得退税部门签字受理单后正式申报即告完毕。正式申报后20个工作日左右，可进入出口退税网上申报系统审批通知单模块查询审批结果。