根据上述职责，市交通运输委员会设11个职能处室：
（一）办公室
组织协调本机关日常工作；拟订工作制度、工作计划并监督实施；负责本机关文电、会务、档案、机要、保密、保卫、应急管理、信息、政务公开、信访、督查督办、提案和议案办复、对外联络和接待等工作；负责综合文稿的起草工作；负责处理行业投诉举报工作；负责机关信息化建设。
（二）政策法规处（挂行政审批处牌子）
组织开展交通运输行业的政策研究;拟订交通运输地方性法规、规章、政策草案并组织实施;承担有关规范性文件的合法性审核工作；承担相关交通运输行政执法的组织协调和监督工作；指导行业有关体制改革工作;负责超限超载检测站点设置的报批工作；负责行政复议、行政应诉和听证、国家赔偿等工作；统一承担本部门行政许可和非行政许可审批事项的办理工作。
（三）规划基建处
拟订交通运输行业规划、计划并组织实施；编制综合运输体系规划；负责综合分析、行业统计、行业预测等工作；拟订公路、水路工程建设制度并监督实施；负责协调公路、水路有关重点工程设计、建设和工程质量监督管理工作；参与监督管理公路、水路建设市场工作；指导公路、水路基础设施管理和维护工作。
（四）综合运输管理处
协调交通运输工作，监管交通运输市场;协调全市道路、水路及其他运输方式的衔接;承担抗震救灾等重大自然灾害的交通保障和重点物资运输、紧急客货运输、节日运输有关工作;参与拟订相关市场规则及交通运输行业的价格和收费标准;参与交通运输业交通综合运输主枢纽、集疏运中心的规划和管理;指导集装箱运输管理、城市客运管理、城市地铁和轨道交通运营管理有关工作。
（五）财务处
拟订公路、水路规费征收政策和办法并监督实施；负责行业投融资有关工作；负责各级补助资金、引进社会资金及利用外资的财务管理工作；负责交通规费征收管理工作；负责交通专项资金、预决算、政府采购、信贷有关工作；负责委机关财务和国有资产管理工作，指导所属单位财务和国有资产管理工作。
（六）组织人事处
负责委机关和所属单位的组织人事、机构编制等工作;指导交通运输行业人才队伍建设工作;负责实施交通运输行业职业资格制度的有关工作;负责委机关离退休人员管理服务工作，指导所属单位离退休人员管理服务工作。
（七）安全监督处
拟订公路、水路安全生产政策、办法和应急预案并监督实施；指导有关安全生产和应急处置体系建设；承担有关公路、水路运输企业安全生产监管工作；组织或参与处理有关事故调查工作；指导公路、水路工程建设、维护的安全生产工作。
（八）物流业发展处
拟订全市物流业发展规划、政策和有关标准并监督实施；负责物流专项资金申请和重点物流企业申报工作；负责组织协调物流集聚区建设、物流项目招商引资、品牌主体建设及扶持政策的落实工作；负责全市物流行业信息统计、分析工作。
（九）科技处
拟订公路、水路行业科技政策并监督实施，组织行业科技开发，推动技术进步；组织协调有关重大科研项目研究；承担有关标准、质量和计量工作；指导公路、水路行业节能减排工作；组织交通行业信息化建设工作。
（十）宣传教育处
负责委机关和所属单位精神文明建设和创建文明行业工作，指导区（市）交通主管部门的创建文明行业工作；组织开展干部职工政策理论学习和思想政治工作;拟订交通行业教育、培训规划并组织实施；负责新闻宣传，以及统战、对台、侨务、宗教等工作。
（十一）市交通战备办公室
负责全市交通战备工作；规划国防交通网络布局，拟订国防交通保障计划；承担国防运力动员、运力征用和交通战备器材管理工作；组织协调市内军事行动等重大活动的交通保障工作；承办市国防动员委员会的有关工作。
按规定设置纪委(挂监察室牌子)、机关党委、工会和团委。
审计处(与监察室合署)
拟订内部审计工作计划和规章制度,指导监督系统内的审计工作;组织行业性审计和审计调查;负责委机关及所属单位财务收支、各项专项资金使用情况的审计监督；对全市交通规费收支进行审计;对委固定资产投资项目、交通基本建设项目进行审计;按照干部管理权限,对委属单位***员的离任(任期)经济责任进行审计;对委属单位的资产经营责任制、经济效益情况进行审计。