区别在于快递公司的取件服务、自带商品到京东自营门店办理退货、以及自行邮寄商品三种。
1、京东自营快递上门取件可以在用户申请退货后，京东的售后服务会安排快递员上门取货，用户无需费力包装和运送商品。
2、到京东自营门店退货用户可以在京东自营门店办理退货，这种方式比较适用于用户在京东自营门店购买的商品，可以直接退给门店，服务更快捷。
3、提供快递单号退货这种方式适用于用户选择使用自己的快递公司寄回，需要用户自行包装和运送商品，但运费由用户承担，也需要填写退货单和提供快递单号。
京东配送就是通过京东自建的物流系统进行配送，满99元免基础运费，而不是用顺丰、韵达、圆通这种第三方快递公司。由于是从京东仓库直发，京东配送节省了转第三方快递的时间，加上自建物流系统，因此比一般的第三方快递更快。
第三方配送不属于交易双方，是一种中立关系，而京东配送属于京东，也就是物流跟售卖商品方是同一个集团下的不同业务部门，和商品售卖方有直接的利益关系。
京东配送的仓库、配送设备、配送人员、配送系统都是自建的，属于京东物流系统的一部分。而第三方配送则是买家自行选择合作快递，配送系统跟京东没有关系，类似于淘宝和快递的关系。
京东配送的收费标准根据客户和产品各有不同，对买家而言一般是满99元免基础运费。生鲜产品由于产品性质特殊，收费更贵一点。
扩展资料：
京东配送目前有多种产品，包括211限时达、次日达、极速达、京准达、夜间配、自提柜、无人机配送等，各种配送方式收费各有差别，下单时注意即可。
参考资料：
京东（自营式电商企业）--
运费收取标准--京东帮助中心