这是一道很久前的旧题，现在规定变化很大，感觉不需要做这样的题目了。
其中的农产品的税率，以前是13%，2017年7月1日起取消13%的税率，农产品税率变为11%；从2018年5月1日起，又降为10%。这道题应该是农产品的税率为13%时间段的题。这就解决了你的问题1、2中，农产品税率和抵扣率为13%的疑问。
另外，运输行业营改增以前（2013年7月31日前），运输发票由原地税局管理，企业发生运输费用取得运输发票，可以按照发票上的金额和7%计算抵扣进项税额。所以，这道题应该是2013年7月31日前的业务，运输业征收营业税，不征收增值税，也没有增值税税率11%，由于是地税发票，只能是普通发票，规定就是按照票面金额和7%扣除率计算抵扣进项税额。这就解决了你的第3、4个疑问。