POS机不论是跨行还是同行，只要在上面发生交易都是要收取手续费的，手续费分为三部分：发卡+转接+收单基准价，分别指信用卡的发卡行总手续费的7成，转接清算费由银联收取占总手续费的1成，收单基准价由各收单机构收取占总手续费的2成。
有些银行提供机具免手续费是因为银行想借POS机拉拢商户在该行开卡，从而让其在卡上存款，起到拉存款的目的。手续费是由银行垫付的，当您存款少交易量大的时候银行就要求您在卡内存更多的钱给银行创造利润来弥补银行垫付的手续费，否则将按照正常费率向商户收取。
而第三方POS机对商户无存款要求，所以手续费都是由商户承担。
所有POS机都需要收取手续费，银行的有些由银行承担，非银行承担的都是向商户收取，不会向持卡人扣取手续费。
钱还在银行处理的时候，银行先把那笔钱垫垫付了，等那笔钱到帐后再填补回刚刚垫付出去的钱。可以有pos机垫付，但不能有信用卡垫付。信用卡垫付是利用虚假消费透支信用卡后取得现金的行为，是为套现，需承担相应的法律责任。