物流公司支付运费的会计分录：
物流公司自己支付的进货运费
借：库存商品等
贷：银行存款
预收运费，进行支付
借：预收账款-运费
贷：银行存款
支付运费对应进项税额能否抵扣的处理：
销售货物时，支付运费：如果销售的货物是免税增值税项目、简易计税方法计税等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额；
购买货物时，支付运费：如果外购货物是用于免征增值税项目、集体福利或个人消费等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额；
如果外购货物用于了增值税应税项目，取得普通发票，但是支付的运费取得增值税专用发票的，则可以凭票抵扣运费的进项税额；如果未取得增值税专用发票的，则不得抵扣运费的进项税额。
企业发生销售产品的经济活动时，一般会涉及运费的核算。支付运费，实际情况不同，相应的会计分录处理也有所区别。
支付产品运输费分录
1、支付销售产品的运费：
借：销售费用-运费
应交税费-应交增值税-进项税
贷：银行存款
2、支付采购原材料的运费：
借：原材料
应交税费-应交增值税-进项税
贷：银行存款
3、支付维修设备等的运费：
借：制造费用-运费
应交税费-应交增值税-进项税
贷：银行存款
4、支付清理厂区垃圾等运费
借：管理费用-办公费-运费
应交税费-应交增值税-进项税
贷：银行存款
5、支付购进固定资产等设备的运费
借：固定资产
应交税费-应交增值税-进项税
贷：银行存款
6、支付运输费但是没有取得发票时：
借：应付账款
贷：银行存款
7、属于资本化项目的运费：
借：在建工程
贷：银行存款
销售费用：指企业销售商品和材料、提供劳务过程中发生的各项费用，包括保险费、包装费、展览费和广告费、商品维修费、预计产品质量保证损失、运输费、装卸费等以及为销售本企业商品而专设的销售机构的职工薪酬、业务费、折旧费等经营费用。
管理费用：指企业为组织和管理企业生产经营所发生的各项费用。包括：企业筹建期间发生的开办费、董事会和行政管理部门在企业的经营管理中发生的或者应由企业统一负担的公司经费、工会经费、董事会费、诉讼费、业务招待费、房产税、车船税、土地使用税、印花税、技术转让费等。
代垫运费的会计分录怎么做？
代垫运费会计分录：
借：应收账款
贷：银行存款
收回代垫运费的会计分录
借：银行存款
贷：应收账款