医药物流作为一个复杂的系统工程，决不是一蹴而就的。
首先它取决于先进的信息、网络系统。在传统企业内，由于信息化管理的要求，还需对之进行企业内流程再造以及组织结构创新，因为信息化追求的是整体最优，而非局部最优。其次它还受到社会公共基础设施、政策法规等宏观因素的制约，也有赖于企业人才、资金、管理等微观因素的支持。因而需要医药行业端正观念，从传统的“运输加仓储”思维模式中解放出来，深刻理解物流运作的内涵及面临的潜在问题，实施战略性物流系统。 要发展中国医药物流，必须首先从宏观上建设与培育医药物流市场，并使这一市场逐步规范化、法制化。为此，应着力于打破地方保护主义，使医药物流市场在竞争环境中形成，同时政府应出台相应的法律进行保护，出台医药物流的发展政策。
根据药品管理法制订医药物流各项实施细则，堵塞药品在流通过程中的管理漏洞，进一步提高宏观调控能力。医药市场必须是一个有序、有效的市场，而无序的、无效的竞争，都将影响医药市场的规范经营。
扩大监控力度，剥离低效的医药物流部门，逐步实现企业物流活动的社会化，为医药物流市场发展培育广泛而坚实的市场需求。建立严格的医药物流市场的准入制度，限制不合格者进入医药物流市场，控制恶性竞争。
加大投资进行医药物流基础设施的改造和新建，充分利用好国债资金、国外资金发展医药物流；调整医药物流服务配送中心的许可证制度和经营对象范围，应与国际接轨，建立配送中心严格准入的许可证制度，建立配送中心下属的配送中心的许可证备案制度，应允许配送中心既可以向自己品牌的网络终端配送，也允许向社会药店、诊所、医院配送，以提高配送中心的效益；加快县级医药公司改造成医药配送中心的建设。
积极发挥政府在推动医药物流中的作用。首先，政府各部门间的政策应该相互衔接；其次，需要政府制订相应的行业标准及行业法规，协助行业制订物流标准化工作。药品编码的标准化，物流作业中使用的设备、包装、运输、装卸工具、使用的托盘等标准化，这些都需要政府加以引导与督促；再次，需要政府提供资金、税收方面的扶持。如政府批准了11个由国债贴息的医药物流中心建设项目，国药物流、重庆和平药房、广州医药公司等企业筹建的物流中心都位列其中。 我们要把国外的先进技术与中国医药企业的实际情况相结合，把医药企业的“小物流”与社会“大物流”的规划与发展相结合，积极推动深化医药生产流通的改革工作。
现代物流体系建设是当务之急，要转变传统管理方式和经营理念，把已被证明了的一切先进技术引入到生产流通企业中来，再通过实践来完善并发展有自己特色的物流体系。在倡导加快医药现代物流建设的时候，仍要坚持积极而稳妥的方针，千万不要一哄而上，不能重蹈分散投资、重复建设的老路，每个企业或每一个连锁店都建立一个物流中心是十分不妥的。
医药现代物流的重点是将供应商、物流中心、终端销售网络，进行合理的分工、整合，供应商重点抓产品的研发、生产和终端消费者的服务，物流中心重点抓上游供应商、下游客户的服务，通过物流进行规模化配送，把物流效率提高从而降低流通成本；终端销售网络重点抓好药品的销售，提供专业的健康咨询服务。政府要总体规划，制定规范的医药物流发展政策，抓好物流中心建设的合理布局，用政策引导企业走专业化分工、合作的发展之路。
医药现代物流具有社会化、系统化、网络化的特点，对物流功能、要素进行整合是发展医药现代物流的关键问题。要用政策引导资产重组、管理重组、技术重组等各种方式形成联合，向集约化协同发展，新组成的医药物流企业要充分发挥互联网的优势，及时准确地掌握物流动态信息，协调物流网点，构筑起全国一体化的物流网络，最大限度地节省时间和费用，以赢得竞争优势，为供应商提供优质的服务。 有一些现代的医药商业企业在建立现代物流方面有很好的条件，关键是要按照现代物流的条件将现有的资源进行整合，并使其功能逐步发挥，分步到位，逐步占领市场。
建立物流配送中心，首先以自身配送为主，面对医院、零售药店和其他商业；二是吸引主要供应商并与他们建立网络伙伴关系，使物流中心成为其他药品的配送中心或中转仓库，扩大物流中心的功能；三是从配送药品扩大到医院、药店需要的相关产品的储存、配送。
与此同时，物流中心不仅自身实现管理信息化，而且要帮助上游、下游客户实现物流管理现代化，建立网络，实现网上交易、计算机定货、制单、配货、核算、管理、信息处理等，形成大物流，形成区域性物流中心。
物流中心的工作人员可以由以上三方的人员共同组成，医药流通企业的人员负责管理。这些物流中心主要包括对医药商品的在库管理、周转、分拣以及配送等作业。通过共同组建物流中心对药品进行整体的物流作业管理，不仅可以加快药品的流通速度，提高医药流通效率，更重要的是通过整合物流管理，可以降低医药物流成本。
建立战略联盟，医药批发企业可以将各自独特的企业资源整合为一体，实现互补和共享，并使领头企业形成规模化经营，降低营运成本。对相互联系、分工协作的整个行业链进行整合，形成以供应链为核心的、社会化的医药物流系统，使物流活动逐步从生产、交易、消费过程中分化出来，成为一种专业化的经营活动。 通过医药企业的重组联合，一体化发展，优化内部物流作业过程，提高医药流通企业的物流效率和服务水平。
一是将销售渠道的各个参与者（厂商、批发商、零售商和消费者）结合起来，实行一体化管理，保证医药物流行为的合理化。现代物流管理中的销售物流不仅是单阶段的销售物流（如从厂商到批发商、从批发商到零售商、从零售商到消费者的相对独立的物流活动），而且是一种整体的销售物流活动，也就是涵盖厂商、批发商、零售商和消费者的一体化物流系统。
二是通过市场来形成一批跨地区、跨行业、跨所有制和跨国经营的大型医药商业集团公司。通过一体化发展，实现厂商、批发商、零售商的联合或批发商的强强联合，降低物流成本，提高物流效率和服务水平。
由于医药流通企业的整体物流水平低下，因此，优化医药流通企业内部的物流作业也是加快医药流通企业发展的重要问题。企业要结合自己的实际情况、对原有的配送体系实施流程再造，有效地利用和管理现有的物流资源，在企业商品运输合理化、商品出入库自动化和库存信息化方面精心优化管理，提高配送中心的运作效率。 信息化是医药流通企业能否成功扩张，同时又能降低管理成本的关键因素。作为联系医药产业上下游的纽带，医药批发企业比其他企业更需要建立现代物流，依靠其强大的信息系统跟医院、零售网点、供应商建立信息共享，帮助供应商、医院、零售商供货、存货，提供服务，物流信息处理已经成为提高竞争力的重要手段。
现代医药物流的发展必须以信息化建设为支撑，引导企业发展先进的信息技术；加强条形码、GSP的管理和电子数据交换、管理信息系统以及射频技术、企业资源计划、全球定位系统和供应链管理等物流技术在医药现代物流企业中的应用，从而全面提高企业的信息化管理水平。
信息化是现代医药物流的基础，为此需要政府大力支持，加快网络化、信息化建设的进程。在发达国家，网络建设已很完善，支撑物流的信息系统也非常广泛，主要有利用卫星的全球定位系统GPS，电子数据交换系统EDI，自动连续补货系统CRP，电子订货系统EOS，销售时点实时控制系统POS，高速道路交通系统ITS，寻车寻货系统KIT，资金快速支付系统EFI,以及实现信息快速输入的条形码技术和网上交易的电子商务技术等。
我国网络基础设施建设比较落后，传输速度慢，使用费用高，致使许多网络应用无法开展，直接阻碍了企业信息化的进程；其次我国信息化建设缓慢，信息资源的开发利用及共享性低，与国外存在着相当大的差距。为此需要政府多渠道地调动各方面的资金，加快信息网络的建设，尽快实现高速信息网与企业的互联互通。